[发明专利]一种基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行处理方法有效
| 申请号： | 201611081510.1 | 申请日： | 2016-11-30 |
| 公开（公告）号： | CN106650315B | 公开（公告）日： | 2020-01-03 |
| 发明（设计）人： | 董昊;龚湛;张清 | 申请（专利权）人： | 苏州浪潮智能科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 215100 江苏省苏州市吴*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行处理方法，对SIFT算法中核心模块进行MIC上的加速，利用消息传递机制系统，对当前多序列进行分割，形成多条单蛋白质序列，对每条蛋白质序列进行并行加速处理、在数据库中进行序列比对，挖掘其并行度。本发明实现整个算法效率大幅提升，并解决传统CPU计算方法以及系统应用的性能低下、生产效率低等问题。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 cpu mic 平台 sift 并行 算法 | ||
【主权项】：
1.一种基于CPU+MIC异构平台的SIFT并行处理方法，其特征在于，对SIFT算法中核心的序列比对算法模块PSIBLAST进行MIC上的加速，利用消息传递机制系统，对当前多序列进行分割，形成多条单蛋白质序列，对每条蛋白质序列进行并行加速处理、在数据库中进行序列比对，挖掘其并行度；/n具体包括：第一步，初始化各参数，包括查询长度、打分矩阵、阈值T、比对序列数据库、迭代次数、显著性分析的期望值、比对长度，对序列比对模块PSIBLAST并行计算；/n第二步，对蛋白质多序列数据按照生物信息学的标准进行分割处理；/n第三步，利用MPI消息传递机制进行多条蛋白质数据序列的分发，分发至MIC集群进行加速运算；/n第四步，比对结果输出对齐统计、根据种子中位选择蛋白质序列、序列排序、生成预测信息、数据合并处理。/n
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