[发明专利]高通量16S测序数据自动化处理方法

摘要

本发明公开的高通量16S测序数据自动化处理方法，包括如下步骤1)输入要进行分析的项目信息；2)从存储数据的服务器调取高通量16S测序数据；3)将获取的对应项目的数据进行预处理；4)将优质序列进行注释，并开始进行标准分析流程；5)查看日志，保证结果的无误性。本发明的有益效果在于基于linux shell的自动化分许流程，可进行批量项目分析，提高服务器使用效率，减少分析人员的分析压力，便于控制分析内容。

主权项

高通量16S测序数据自动化处理方法，其特征在于，包括如下步骤：1)输入要进行分析的项目信息格式大致为一行表示一个项目的信息，前面几列的元素分别为合同号，开题单号，注释所用的数据库，其中间隔符设置为制表符；2)从存储数据的服务器调取高通量16S测序数据进入linux的except的环境，使用spawn命令，调取测序数据，与原来的不同是将密码内置于脚本中或环境变量中，避免手动输入密码的麻烦；3)将获取的对应项目的数据进行预处理包括对于样品名字的处理，以及质量过滤，去除引物和barcode，去嵌合体，随后得到优质序列进行分析；4)将优质序列进行注释，并开始进行标准分析流程将优质序列与其对应的数据库中进行注释，并建立进化树，此后，根据进化树以及注释结果，进行标准分析流程；5)查看日志，保证结果的无误性在进行标准分析流程的同时，如果分析出现的问题，会将错误信息以及错误的位置写入到日志文件中，流程结束后，查看日志文件，保证结果的无误性，如果出现问题，则查找原因，修复错误。