[发明专利]面向生物基因测序计算任务的多队列回填作业调度方法

摘要

本发明公开了一种面向生物基因测序计算任务的多队列回填作业调度方法。针对生物基因测序计算任务的作业负载特性，对现有高性能计算系统作业调度技术的缺点与不足进行了改进，提出一个多对列回填作业调度方法。该方法提供了基于内存资源优化的回填调度，结合内存资源的需求进行作业预约与作业回填，充分利用系统的空闲资源，减少作业等待。在此基础上，提供了多对列负载均衡调度，以多对列的方式进行回填调度并且提供了队列级别的负载均衡，并且提出了动态选择阈值策略与优化迁移策略。多队列回填作业调度能够很好的适用于生物信息高性能计算系统，获得良好的系统性能。

主权项

1.面向生物基因测序计算任务的多队列回填作业调度方法，主要包括以下步骤：S1、基于内存资源优化的回填调度：在传统的回填(Backfilling)调度的基础上进行改进，设计基于内存资源优化的回填调度；在作业调度的过程中，充分考虑了作业的CPU与内存属性，根据这两个属性进行作业的资源预留与回填，从而尽可能地提高系统的利用率和使作业的执行效率；在利用资源预留形成的资源空隙进行回填时，保证不影响作业等待队列中第一个作业的运行；S2、多队列负载均衡回填调度：在内存资源优化回填调度的基础上，以多队列的方式进行回填调度，并且提供了队列级别的负载均衡，主要用于解决由于多队列的划分造成的作业等待与资源浪费的问题，平衡各队列间的负载，同时提供了改进方案：动态选择阈值策略与优化迁移策略。