[发明专利]用于在有向非循环结构中使用双端数据的系统和方法有效
| 申请号： | 201480067827.2 | 申请日： | 2014-10-15 |
| 公开（公告）号： | CN105830078B | 公开（公告）日： | 2019-08-27 |
| 发明（设计）人： | 丹尼斯·库拉尔;南森·梅维斯 | 申请（专利权）人： | 七桥基因公司 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京柏杉松知识产权代理事务所(普通合伙) 11413 | 代理人： | 谢攀;刘继富 |
| 地址： | 美国马*** | 国省代码： | 美国;US |
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| 摘要： | 本申请涉及一种分析转录组的方法，该方法包括从来自生物体的转录组获得至少一对双端读数，找出在该对的第一读数和有向非循环数据结构(该数据结构具有表示RNA序列诸如外显子或转录本的节点和连接多对节点的边缘)中的节点之间的具有最佳评分的比对，识别包含节点的候选路径，该节点通过具有与该对双端读数的插入长度大体上类似的长度的路径连接到下游节点，并且将双端读数与候选路径比对以确定最佳评分比对。 | ||
| 搜索关键词： | 用于 循环 结构 使用 数据 系统 方法 | ||
【主权项】：
1.一种分析转录组的方法，所述方法包括：从转录组获得一对双端读数；找出在所述对的第一读数和有向非循环图(DAG)中的表示外显子的节点之间的具有最佳评分的比对，所述DAG包括表示来自经注释的转录组中的特征的多个外显子和外显子的节点和以它们的规范的基因顺序连接多对所述节点的边缘；在DAG中识别包含所述节点的候选路径，所述节点通过具有与所述一对双端读数的插入长度大体上类似的长度的路径连接到下游节点；从包括所述一对双端读数的任何比对计算中排除不是候选路径的任何路径，从而将所述双端读数与所述候选路径比对以确定最佳评分比对；以及利用所述一对双端读数的最佳评分比以从对转录组中识别异构体。
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