[发明专利]一种Gromacs软件的性能测试方法

摘要

本发明提出一种Gromacs软件的性能测试方法，使用配置的不同编译器、数学库以及编译参数对Gromacs软件进行编译，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据，执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置，再调整nPME参数，进行Gromacs软件的后续优化。所述方法能够提高Gromacs软件运行效率。

主权项

一种Gromacs软件的性能测试方法，其特征在于，所述方法包括：步骤1：配置硬件平台、编译器、数学库和编译参数；步骤2：先使用GUN编译器、FFT数学库对Gromacs软件进行编译，编译参数使用默认值；编译完成后，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；然后再使用INTEL编译器、MKL数学库进行Gromacs软件的编译，编译完成后，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；其中，使用INTEL编译器、MKL数学库进行Gromacs软件的编译的编译参数如下：‑DCMAKE_C_COMPILER＝mpiicc‑DCMAKE_CXX_COMPILER＝mpiicpc‑DGMX_MPI＝ON‑DGMX_GPU＝OFF‑DGMX_DOUBLE＝ON‑DBUILD_SHARED_LIBS＝OFF‑DGMX_PREFER_STATIC_LIBS＝ON‑DCMAKE_C_FLAGS＝‑ip xAVX‑funroll‑all‑loops‑static‑O3‑DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS＝‑L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64/‑lmkl_intel_lp64‑lmkl_intel_thread‑lmkl_core；步骤3：执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置；步骤4：选择nPME参数，以保证Gromacs软件的运行效率最优。