[发明专利]在字符串集之中查找最佳匹配字符串的方法和系统

摘要

在一个方面，本发明涉及用于在字符串集Z之中为参考字符串t查找最佳匹配字符串Sopt的方法，该方法包括‑对于每对字符串SZ和t，将用于计算最终比对分数SCZ的动态编程问题表示(101)为单元矩阵AZ(300)，每个单元AZ(i,j)(316)表示要计算的中间结果FZ(i,j)；‑计算(102)当前最优比对边界阈值oab阈值，对于字符串集Z的每个字符串SZ，执行‑对于单元AZ(i,j)计算(104)字符串SZ和t的候选比对的预期最终比对分数PZ(i,j)；‑确定(105)PZ(i,j)是否提高了当前oab阈值；‑如果确定没有提高，那么中断(106)计算并且禁止覆盖所述单元AZ(i,j)的候选比对的任何延伸；‑如果确定有提高，那么继续(107)用于为所述字符串SZ计算最终比对分数SCZ的计算。

主权项

一种用于在字符串集Z之中为参考字符串t查找最佳匹配字符串Sopt的计算机实现的方法，所述方法包括：‑对于每对字符串SZ和t，将用于计算最终比对分数SCZ的动态编程问题表示(101)为单元的矩阵AZ(300)，每个单元AZ(i，j)(316)表示要计算的中间结果FZ(i，j)，FZ(i，j)是所述最终比对分数的中间结果，其中Fz(i，j)＝G(Fz(i‑1，j‑1)，Fz(i，j‑1)，Fz(i‑1，j)，cz(i，j))，其中所述字符串SZ的每个字符由所述矩阵AZ的行表示，其中所述字符串t的每个字符由所述矩阵AZ的列表示，字符串SZ具有长度N，字符串t具有长度M，i是所述矩阵AZ(220)的行索引以及j是所述矩阵AZ(220)的列索引，i和j分别大于或者等于0，其中G是优化函数以及CZ是成本函数；‑计算(102)当前最优比对边界阈值oab阈值，对于所述字符串集Z的每个字符串SZ，执行：‑为单元AZ(i，j)计算(104)所述字符串SZ和t的候选比对的预期最终比对分数PZ(i，j)，所述预期最终比对分数PZ(i，j)被计算为Pz(i，j)＝Fz(i，j)+scsub，其中SCsub是可能为所述字符串SZ和t的子比对计算的最优比对分数值，所述子比对开始所述单元AZ(i+1，j)、AZ(i，j+1)或者AZ(i+1，j+1)中的任何一个并且在单元AZ(N‑1，M‑1)处终止；‑确定(105)为所述单元AZ(i，j)计算的所述预期最终比对分数PZ(i，j)是否提高了当前oab阈值；‑如果确定没有提高，则中断(106)在所述单元AZ(i，j)处终止的所述候选比对的所述计算，并且禁止覆盖所述单元AZ(i，j)的所述候选比对的任何延伸；‑如果确定有提高，则继续(107)所述候选比对的所述计算以用于为所述字符串SZ计算所述最终比对分数SCZ；‑其中在所述优化函数是最大化函数的情况下，为了不排除所述候选比对作为所述最佳匹配字符串Sopt的最优比对的候选，所述oab阈值指定覆盖单元AZ(i，j)的SZ和t的任何候选比对的预期最终比对分数PZ(i，j)必须超过的阈值分数；所述最优比对分数值SCsub是所述子比对的最大可能比对分数值；以及如果为所述单元AZ(i，j)计算的预期最终比对分数PZ(i，j)超出所述当前oab阈值，则确定所述当前oab阈值的所述提高；‑其中在所述优化函数是最小化函数的情况下，为了不排除所述候选比对作为所述最佳匹配字符串Sopt的最优比对的候选，所述oab阈值指定覆盖单元AZ(i，j)的SZ和t的任何候选比对的预期最终比对分数PZ(i，j)必须小于其的阈值分数；所述最优比对分数值SCsub是所述子比对的最小可能比对分数值；以及如果为所述单元AZ(i，j)计算的预期最终比对分数PZ(i，j)低于所述当前oab阈值，则确定所述当前oab阈值的所述提高。