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[发明专利]用于鉴定经预测以激发免疫原性响应的一种或多种源蛋白的一个或多个候选区的方法和系统以及用于产生疫苗的方法-CN202180043559.0在审
发明人：鲍里斯·西莫夫斯基;克莱门特·莫林;理查德·斯特拉特福德;特雷弗·克兰西 -专利权人： NEC奥克尔姆内特公司
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：公开了鉴定经预测以在多种人类白细胞抗原HLA类型中激发适应性免疫原性响应的一种或多种源蛋白的一个或多个候选区的计算机实施的方法，其中一种或多种源蛋白具有氨基酸序列。所述方法包括(a)获取所述一种或多种源蛋白的氨基酸序列；(b)获取HLA类型的集合；(c)预测所述氨基酸序列内的多个候选表位针对所述HLA类型的集合中的每一个的免疫原性潜力；(d)将所述氨基酸序列分成多个氨基酸子序列；(e)对于所述多个氨基酸子序列中的每一个，生成指示所述氨基酸子序列在所述HLA类型的集合中激发免疫原性响应的预测能力的区域度量，其中所述区域度量基于所述多个候选表位针对所述HLA类型的集合中的每一个的预测免疫原性潜力；以及(f)应用统计模型来鉴定生成的区域度量中的任一个是否是统计上显著的，由此被鉴定为具有统计上显著的区域度量的氨基酸子序列对应于经预测以在所述HLA类型的集合的至少一个子集中激发免疫原性响应的氨基酸序列的候选区。还公开了相应的系统以及用于产生疫苗的方法。
用于鉴定预测激发免疫原性响应一种多种蛋白一个候选方法系统以及产生疫苗

[发明专利]SARS-COV-2疫苗-CN202180043569.4在审
发明人：理查德·斯特拉特福德;特雷弗·克兰西;克莱门特·莫林;鲍里斯·西莫夫斯基;布兰登·马龙;程俊 -专利权人： NEC奥克尔姆内特公司;NEC实验室欧洲有限公司
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： A61K39/12 文献下载
摘要：本发明涉及冠状病毒疫苗组合物，其包含适于针对MHC I类和/或MHC II类免疫原性刺激多种人类白细胞抗原(HLA)群体中的广泛适应性免疫应答的一个或多个表位。通过由人工智能(AI)驱动的平台生成预测数据，通过分析SARS‑CoV‑2蛋白质组的大规模表位作图和基于预测的免疫原性的表位评分，然后进行稳健统计分析和基于蒙特卡洛的模拟，使得此类表位的选择成为可能。本发明的疫苗组合物适用于SARS‑CoV‑2感染的治疗性或预防性治疗中。本发明还描述了使用所述组合物的方法。
sars cov 疫苗

[发明专利]新型的基于沙门氏菌的冠状病毒疫苗-CN202180024934.7在审
发明人：海因茨·卢本奥;马克·曼苏尔 -专利权人： NEC奥克尔姆内特公司
申请日： 2021-03-31 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： A61K39/12 文献下载
摘要：本发明涉及一种DNA疫苗，其包含伤寒沙门氏菌Ty21a菌株，所述伤寒沙门氏菌Ty21a菌株包含DNA分子，所述DNA分子包含编码至少COVID‑19冠状病毒(SARS‑CoV‑2)刺突(S)蛋白或其一部分的真核表达盒。特别地，本发明涉及所述DNA疫苗用于预防和/或治疗冠状病毒疾病COVID‑19或SARS‑CoV‑2感染。
新型基于沙门氏菌冠状病毒疫苗

[发明专利]用于鉴定肽的机器学习方法、存储介质和设备-CN201780037227.5有效
发明人：理查德·斯特拉特福德;特雷弗·克兰西 -专利权人： NEC奥克尔姆内特公司
申请日： 2017-04-28 - 公布日： 2022-03-18 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了用于鉴定包含与天然内源性或外源性细胞加工、转运和主要组织相容性复合物(MHC)呈递正相关的特征的肽的方法。具体地，本发明/所述方法控制蛋白质丰度、稳定性和HLA/MHC结合对加工和呈递的影响，从而使得使用所述方法训练的机器学习算法或统计推断模型能够应用于任何测试肽，而不管其HLA/MHC限制，即所述算法以HLA/MHC无关的方式操作。这是通过构建肽序列的阳性数据集和阴性数据集(从文献中表面结合或分泌的MHC/肽复合物中鉴定或推断出的肽，以及从表面结合或分泌的MHC/肽复合物中未鉴定或推断出的肽)来实现的。具体地，所述阳性数据集和阴性数据集包括各个条目之间的多个配对，其中一对的两个序列具有相同或相似的长度，并且来自相同的源蛋白质，并且/或者相对于限制所述阳性肽的肽的HLA/MHC分子，具有相似的结合亲和力。
用于鉴定机器学习方法存储介质设备

[发明专利]用于结合亲和力预测的方法和系统以及生成候选蛋白-结合肽的方法-CN201980079028.X在审
发明人：马里乌斯·埃德萨;理查德·斯特拉特福德;特雷弗·克兰西 -专利权人： NEC奥克尔姆内特公司
申请日： 2019-10-04 - 公布日： 2021-07-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：在本公开的第一方面，提供了预测查询结合剂分子与查询靶分子结合亲和力的计算机实施的方法，所述查询结合剂分子具有第一氨基酸序列，并且所述查询靶分子具有第二氨基酸序列，所述方法包括：用至少一个处理器计算所述查询结合剂分子与所述查询靶分子的结合亲和力，作为参考结合剂‑靶子序列对的参考结合值的加权组合，其中所述加权组合的权重基于相似性得分。
用于结合亲和力预测方法系统以及生成候选蛋白

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