本发明提出了一种抗虫蛋白Cry1ABn39编码基因和其在转基因抗虫玉米育种领域的应用。该抗虫蛋白Cry1ABn39的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,编码基因的碱基序列如SEQ ID No.2所示。所述应用是编码基因在培育抗虫转基因玉米植株中的应用,在制备重组抗虫蛋白Cry1ABn39中的应用,以及抗虫蛋白Cry1ABn39在制备抗虫剂中的应用。本发明通过对抗虫蛋白的人工改造及其植物表达载体的优化增加了其在转基因材料中的表达量且不影响其原本抗虫功能和转基因玉米的其他农艺性状,因此能够更容易获得抗虫效果。