本发明提供了一种识别NNTA特异位点的基因、基因编辑系统及其应用，用于植物尤其是水稻基因打靶。本发明涉及生物技术和植物基因工程技术领域。所述基因具有SEQ ID No：1所示的核苷酸序列。本发明的基因是以模式作物水稻密码子为基础改造获得的，再经过化学合成而来。发明人从大量不同的基因中进行组合获得了在水稻中具有高剪切效率的识别NNTA的基因。本发明利用所获得的基因构建植物表达载体，构建水稻打靶载体，导入水稻细胞后造成水稻特异基因位点的DNA双链剪切，实现了水稻基因打靶，并且以高突变效率获得转基因水稻植株。
本发明提供一种作物花药特异表达的启动子SDGMS S1及其应用，所述作物花药特异表达启动子SDGMS S1能够驱动目的基因在花药中特异表达。更具体而言，本发明的启动子包含SEQ ID No:1所示的DNA序列或其同源物、衍生物。在应用中，本发明的启动子可以与具有提高作物花粉活力或降低作物花粉活性(雄性育性)的基因结合使用，将本发明的启动子与作物雄性育性基因相连接导入植物中，并驱雄性育性基因在作物的花药中表达，可以提高或降低作物的花粉活力。将本发明的启动子与花药雄性不育基因相连接，诱导该基因表达，可以降低花药中花粉活力，有利于杂种优势的利用。因此，从杂种优势的利用和粮食安全两个角度来讲，本发明的启动子都具有极高的商业价值。
本发明公开了一种快速鉴别大豆抗旱性的dCAPS分子标记及其应用，其中，扩增所述dCAPS分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID No.1(AGTTAACTCGGAACCATGTCAAAC)所示，下游引物序列如SEQ ID No.2(TAAACTATCTTTGTGAGTGAGTGTAG)所示。本发明通过采用引入一个错配碱基引物对待测大豆基因组DNA进行PCR扩增，实现了同步筛选无位点突变大豆基因组DNA和鉴定抗干旱品种的目的，提高了筛选效率和筛选准确率。
本发明公开了一种与大豆百粒重相关的SNP标记及其应用，该SNP标记为大豆基因组版本Glycine max Wm82.a2.v1的Chr18:3450376，该SNP标记的多态性为G或A。本发明基于该SNP标记开发了一种辅助检测大豆百粒重的dCAPS分子标记，所述dCAPS分子标记的碱基转换位点位于第18号染色体3450376位，扩增所述dCAPS分子标记的引物组的上游引物序列如SEQ ID No.1所示，下游引物序列如SEQ ID No.2所示。利用该SNP(G/A)非同义突变以及设计出的dCAPS分子标记引物，可实现快速准确的检测大豆百粒重大/小的品种，实现筛选百粒重大或小的大豆品种的目的。
