本发明公开了水稻稻瘟病抗性基因Pi40的KASP标记开发及其应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。它包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性；基因型为水稻基因组中KASP_Pi40位点的基因型；记KASP_Pi40位点是水稻基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为CA或AG，为序列表中SEQ ID No.4的第101‑102位核苷酸。本发明利用KASP技术对与水稻稻瘟病抗性基因Pi40紧密连锁的SNP位点进行基因快速分型鉴定，可以高、中、低通量的应用在商业化分子育种中；同时分子标记KASP_Pi40的表型选择效率达到94.44%，可在水稻的不同种质资源中快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因Pi40；可在育种早期进行分子标记辅助选择，降低育种成本，加快育种进程。
本发明公开了一种用于检测水稻黑条矮缩病抗性基因qRBSDV6的KASP引物。本发明KASP引物由引物1(特异性片段为SEQ ID No.1的第22‑37位)、引物2(特异性片段为SEQ ID No.1的第22‑36位)和引物3(SEQ ID No.3)组成。本发明利用KASP技术对与水稻黑条矮缩病抗性基因qRBSDV6紧密连锁的SNP位点进行基因快速分型鉴定，可以高中低通量应用于商业化分子育种；其表型选择效率达91.3％，可在水稻不同种质资源中实现快速、精准检测；且操作简单，减少有毒物的使用，可在育种早期进行分子标记辅助选择，减小育种群体的田间种植规模，降低育种成本，加快育种进程。
