本发明公开了与南瓜可溶性固形物含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用，属于分子生物学检测技术及南瓜遗传育种技术领域。所述分子标记包括分子标记345661和分子标记345718中的至少一种；分子标记345661的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，分子标记345718的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；分子标记345661和分子标记345718定位于南瓜15号染色体，且位于4849183‑4939469bp区段内。本发明的分子标记与南瓜果肉可溶性固形物含量呈现紧密连锁标记特征，通过KASP技术获得SNP分型，可以灵敏、高效、低成本的预测果实可溶性固形物含量，推动南瓜分子育种进程。
本发明公开了与南瓜果肉类胡萝卜素主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用，属于植物分子遗传育种领域。该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，在第79bp处有一个C/A碱基突变。该分子标记与南瓜果肉类胡萝卜素呈现紧密连锁标记特征，采用本发明的方法，利用南瓜种子或长出真叶的早期幼苗即可鉴定南瓜果肉类胡萝卜素性状，试验准确度高，成本低、耗时短，本发明可用于南瓜分子标记辅助选择育种，加速南瓜营养品质育种的进程。
本发明公开了与南瓜蔗糖含量主效QTL连锁的KASP分子标记及其应用，属于分子生物学检测技术及南瓜遗传育种技术领域。所述分子标记为分子标记347798和分子标记347840中的一种或多种；分子标记347798的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，分子标记347840的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示；分子标记347798和分子标记347840定位于南瓜15号染色体上，且位于8201165‑8236299bp区段内。本发明的分子标记与南瓜果肉蔗糖含量呈现紧密连锁标记特征，通过KASP技术获得SNP分型，可以灵敏、高效、低成本的预测果实蔗糖含量，推动南瓜分子育种进程。
本发明公开了一种南瓜半矮生性状紧密连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记为SNP3g10150643，且核苷酸多态性为C/T、核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑4所示。本发明首次公开控制南瓜半矮生性状的基因座位及与其紧密连锁的SNP分子标记，该分子标记能够准确、快速地鉴别出半矮生南瓜品种和个体，可用于南瓜半矮生种质资源的预测和筛选，以及用于进行分子辅助育种创制半矮生南瓜品种。
