本发明公开了源于棉花二倍体野生种异常棉的抗旱相关的SSR序列及其应用。本发明提供了特定DNA片段或其相关生物材料在培育抗旱棉花品种或品系或提高棉花的抗旱性中的应用;所述特定DNA片段为位于异常棉8号染色体上至少含有自SSR分子标记NAU2914(SEQ ID No.1)起至SSR分子标记JAAS6420(SEQ ID No.7)止的片段;所述相关生物材料为含有所述特定DNA片段的载体、表达盒、重组菌或转基因细胞系。本发明所提供的染色体片段在抗旱棉花育种中具有重要应用价值,同时本发明开发的SSR分子标记为培育能应用于生产的抗旱棉花品种提供分子基础。