本发明提供了一种靶向鼻咽肿瘤细胞的载药纳米粒及其制备方法与应用,该载药纳米粒包括DNA四面体、核酸适配体S3和抗肿瘤药物,所述DNA四面体由四条单链DNA互补配对组成,所述DNA四面体包载所述抗肿瘤药物,所述核酸适配体S3通过碱基互补配对连接在所述DNA四面体上,所述核酸适配体S3的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。该载药纳米粒使用核酸适配体S3能同时特异性靶向异质性鼻咽癌细胞和鼻咽癌干细胞,通过将阿霉素装载到S3修饰的DNA四面体上,所得的纳米载药颗粒能同时靶向杀伤异质性鼻咽癌细胞和鼻咽癌干细胞,在提高治疗效果的同时,还能减轻化疗的毒副作用、化疗耐药和治疗后的复发及转移,具有重要的临床意义及应用价值。