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[发明专利]基于单细胞测序从头预测调控突变的系统、设备和介质-CN202310594391.3有效
发明人： 郭国骥;肖彦宇;王晶晶;李佳琦 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-05-23 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单细胞测序从头预测调控突变的系统、设备和介质，属于单细胞测序技术领域。所述系统利用卷积神经网络，提取基因转录起始位点周围的染色质特征，并通过回归方法，由染色质特征拟合细胞亚群特异性的基因表达，为每细胞亚群分别训练特异性的预测模型；进一步利用预测模型，预测细胞亚群特异性调控突变位点。本发明的系统能够显著提升预测结果的精准度，使其成为一种研究细胞亚群水平遗传调控的通用的方法，在细胞功能基因组学领域具有巨大的应用价值。
基于单细胞从头预测调控突变系统设备介质

[发明专利]基于末端转移酶的单细胞转录组测序试剂盒及测序方法-CN202310774799.9有效
发明人： 郭国骥;韩晓平;杨蕾;王雪怡;汪仁英 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-06-28 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于末端转移酶的单细胞转录组测序试剂盒及测序方法，属于单细胞测序技术领域。所述试剂盒包括：反转录引物，包括第一细胞标签序列和捕获序列；末端转移酶，用于反转录得到的cDNA序列添加第一连接序列；杂交引物，用于添加第二细胞标签序列；还包括含有第三细胞标签序列的第一PCR扩增引物组合。本发明的试剂盒和方法能够一次性标记并获得百万至千万级别的单细胞特异性转录组信息，并且直接延伸来合成完整双链DNA分子，提高反应效率的同时也大大降低了大规模高通量实验的成本，并且操作简便，耗时短，无需借助于额外仪器、通量高，在单细胞测序领域有很好的实际应用价值和推广价值。
基于末端转移酶单细胞转录组测序试剂盒方法

[发明专利]一种预测突变位点顺式调控基因的方法、设备和介质-CN202310599596.0在审
发明人： 郭国骥;肖彦宇;王晶晶 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-05-23 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种预测突变位点顺式调控基因的方法、设备和介质，属于单细胞测序技术领域。所述方法包括获得表达数量性状位点；在待预测突变位点的周围区域中，若一个表达数量性状位点与所述突变位点具有高连锁不平衡相关性，则将该达数量性状位点关联的基因确定为受所述突变位点顺式调控的基因。本发明的方法扩展了传统的eQTL，提出利用单细胞表达数据来推测cell cluster‑ieQTL，能够克服基因和突变之间的关联被传统大块样本中细胞组成的异质性掩盖的缺陷。另外，本发明通过预测突变位点的顺式调控基因，可以使我们更加准确地进行基因功能分析，促进对疾病基础生物学的了解和药物靶标的鉴定。
一种预测突变顺式调控基因方法设备介质

[发明专利]基于单端接头转座酶的单细胞基因组测序试剂盒和方法-CN202310774780.4在审
发明人：韩晓平;郭国骥;王雪怡;杨蕾 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-06-28 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单端接头转座酶的单细胞基因组测序试剂盒和方法，属于单细胞测序技术领域。所述试剂盒包括：连接有特殊定制序列的转座酶，所述特殊定制序列为双链序列，分别为第一链序列和第二链序列，其中第一链序列依次包括连接序列1、细胞标签1序列和包埋序列，其中第二链序列为包埋序列的互补序列；第一杂交引物，依次包括连接序列2、细胞标签2序列和测序接头1序列；桥连引物，用于将连接序列1和连接序列2进行连接；第二杂交引物，依次包括所述包埋序列的互补序列、分子标签序列、至少一部分所述连接序列1的互补序列和测序接头2。本发明的试剂盒生方法能够实现上亿种分子标记来标记单个细胞，达到超高通量，并且建库时间大幅缩短，属于快速单细胞基因组测序方法。
基于端接头转座酶单细胞基因组试剂盒方法

[发明专利]一种基于末端转移酶的基因组测序试剂盒和测序方法-CN202210316214.4有效
发明人： 郭国骥;韩晓平;王雪怡;王昕茹;汪仁英 -专利权人：浙江大学
申请日： 2022-03-28 - 公布日： 2023-05-16 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于末端转移酶的基因组测序试剂盒和测序方法，属于基因测序技术领域。所述试剂盒包括带有磁珠分子标记序列的磁珠、带有转座酶细胞标记序列的转座酶以及末端转移酶。进一步本发明还公开了相应的测序方法。本发明基于末端转移酶和分子标记磁珠的单细胞基因组测序方法，实现上亿种分子标记来标记单个细胞并扩增可及性片段进行超高通量基因组可及性测序，具有重要的应用推广价值。
一种基于末端转移酶基因组试剂盒方法

[发明专利]一种超高通量单细胞测序方法-CN202210594161.2有效
发明人： 郭国骥;廖原;陈海德;韩晓平;王晶晶 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-05-12 - 公布日： 2023-04-11 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种超高通量单细胞测序方法，本发明超高通量单细胞测序方法通过分子标记微珠、反转录序列、桥连引物的使用，先使用反转录序列对细胞内进行一次细胞内反转录，再将经细胞内反转录后的细胞通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞处于分隔的空间中，并在裂解液作用下裂解细胞，反转录后得到的序列在桥连引物的帮助下与分子标记微珠上的分子标记序列连接，并通过PCR扩增获得大量序列，构建获得cDNA测序文库，然后进行高通量测序，一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性转录组信息。大大提高了单细胞测序的通量。
一种超高通量单细胞方法

[发明专利]一种超高通量单细胞测序试剂组合-CN202210590187.X有效
发明人： 郭国骥;廖原;陈海德;韩晓平;王晶晶 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-05-12 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种超高通量单细胞测序试剂组合，利用本发明超高通量单细胞测序试剂组合，通过分子标记微珠、反转录序列、桥连引物的使用，先使用反转录序列对细胞内进行一次细胞内反转录，再将经细胞内反转录后的细胞通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞处于分隔的空间中，并在裂解液作用下裂解细胞，反转录后得到的序列在桥连引物的帮助下与分子标记微珠上的分子标记序列连接，并通过PCR扩增获得大量序列，构建获得cDNA测序文库，然后进行高通量测序，一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性转录组信息。大大提高了单细胞测序的通量。
一种超高通量单细胞试剂组合

[发明专利]一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法-CN202111332355.7有效
发明人： 郭国骥;叶昉;张国栋 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-11-11 - 公布日： 2022-12-06 - 主分类号： C12Q1/6874 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法。本发明基于该寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞转录组或染色质可及性测序方法能够一次性标记并获得从上万个到百万级别的单细胞或单细胞核的特异性转录组信息或染色质开放区域基因组信息。由于在多段barcode标记的步骤仅依靠核酸杂交，中间步骤没有使用包括T4连接酶在内的任何连接酶，而是在最后合成完整DNA链时一步聚合连接所有缺口和双链，扩大实验规模只耗费常规盐离子杂交液不耗费酶，因此大大降低了大规模高通量实验的成本，所以整套实验成本低、耗时短、不依赖仪器、通量高，在单细胞测序领域有很好的实际应用价值。
一种基于寡核苷酸杂交标记通量单细胞方法

[发明专利]一种单细胞的跨物种细胞类型鉴定方法-CN202210677411.9在审
发明人： 郭国骥;张霈婧;孙慧宇;汪仁英;马立枫;鄂唯高;王晶晶 -专利权人：浙江大学
申请日： 2022-06-14 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞的跨物种细胞类型鉴定方法，属于单细胞数据分析领域。本发明整合了多个代表性物种的单细胞转录组全图谱，构建了迄今为止最大的单细胞参考数据库，包含无偏好性且覆盖较为全面的多种细胞类型。本发明弥补了以群体基因表达数据为基础的细胞鉴定的缺陷和没有标准参考数据库的困扰，为跨物种分析提供数据支撑。通过同源基因比对、特征基因的提取和基因表达模式相似性的计算，本发明消除了不同测序平台、不同物种乃至不同细胞类型间的单细胞数据测序深度的影响，在高正确率和快速运算之间取得了平衡，并首次实现跨物种细胞类型的鉴定。本发明提供的方法对未知细胞类型鉴定及跨物种分析具有重要指导意义。
一种单细胞物种细胞类型鉴定方法

[发明专利]一种基于单细胞图谱预测遗传模型的方法和存储介质-CN202210715939.0在审
发明人： 郭国骥;李佳琦;王晶晶;张霈婧;梅雨晴;傅雨婷 -专利权人：浙江大学
申请日： 2022-06-22 - 公布日： 2022-08-19 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习预测基因单细胞表达概率的方法、装置、设备和存储介质及应用，属于生物信息学领域。所述方法基于深度学习预测单细胞水平的基因表达信号。对于输入的基因序列，本发明能使用顺式调节元件预测相应基因在每个单个细胞中的表达概率。本发明在识别全局调控信号方面可与表观遗传实验相媲美。本发明可以系统地比较细胞类型特异性转录因子和顺式调节元件的监管关系，并破译细胞类型进化的原则。本发明为研究不同生物系统中的调节语言提供了宝贵的资源与全新的方法。
一种基于单细胞图谱预测遗传模型方法存储介质

[发明专利]一种高通量单细胞转录组测序方法及其应用-CN202210550351.4在审
发明人： 郭国骥;王永成;陈海德 -专利权人：良渚实验室;浙江大学;杭州跃真生物科技有限公司
申请日： 2022-05-20 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供了一种高通量的单细胞转录组测序方法及其应用，所述方法包括将待测的细胞样本制备成单细胞悬液后用固定液固定；和使用反转录引物在固定后的单细胞的RNA上进行原位反转录反应合成cDNA第一条链；其中所述反转录引物中包括标签序列。
一种通量单细胞转录组测序方法及其应用

[发明专利]一种超高通量单细胞测序方法-CN202110517750.6有效
发明人： 郭国骥;廖原;陈海德;韩晓平;王晶晶 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-05-12 - 公布日： 2022-05-24 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种超高通量单细胞测序方法，本发明超高通量单细胞测序方法通过分子标记微珠、反转录序列、桥连引物的使用，先使用反转录序列对细胞内进行一次细胞内反转录，再将经细胞内反转录后的细胞通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞处于分隔的空间中，并在裂解液作用下裂解细胞，反转录后得到的序列在桥连引物的帮助下与分子标记微珠上的分子标记序列连接，并通过PCR扩增获得大量序列，构建获得cDNA测序文库，然后进行高通量测序，一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性转录组信息。大大提高了单细胞测序的通量。
一种超高通量单细胞方法

[发明专利]一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法-CN202110911428.1有效
发明人： 郭国骥;陈海德;张国栋;杨蕾;韩晓平 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-08-09 - 公布日： 2022-04-29 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法，本发明先使用特异性分子标签转座酶包埋复合物进行细胞核内染色质转座酶可及性基因组序列的转座，再将细胞核通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞核处于分隔的空间中，并在裂解液作用下裂解细胞核，在桥连引物的帮助下将特异性分子标签序列与分子标记微珠上的分子标记序列连接，并通过PCR扩增获得大量序列，构建获得测序文库，然后进行高通量测序，一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性基因组开放性信息，大大提高了单细胞测序的通量，积极推动基于微孔板的单细胞高通量染色质转座酶可及性测序技术的发展。
一种超高通量单细胞染色质转座酶可性测序方法

[发明专利]甲酰胺类化合物在制备抗脊索肿瘤药物中的应用及试剂盒-CN202110110615.X在审
发明人：赵曜;张启麟;韩瑞;郭国骥;费丽江;马增翼;叶钊;姚博远 -专利权人：复旦大学附属华山医院
申请日： 2021-01-27 - 公布日： 2021-05-28 - 主分类号： C07D519/00 文献下载
摘要：本发明公开了甲酰胺类化合物在制备抗脊索肿瘤药物中的应用及试剂盒，药理实验表明，所述的化合物或其盐和晶体具有较强的抑制脊索瘤TGF‑β信号通路的活性，与阳性对照药Vactosertib活性相当,脊索瘤TGF‑β信号通路的抑制活性高于另一阳性化合物LY3200882，对人颅底脊索瘤细胞系的侵袭性有较强的抑制活性，预示了所述的化合物可以制备治疗抗脊索肿瘤药物。本发明对脊索瘤具有较好的抑制活性，安全性优于现有技术报道的化合物，由此可见，所述化合物：毒性更低、更具开发前景的新型脊索瘤侵袭性抑制剂，具有作为临床治疗剂使用前景。甲酰胺类化合物的结构式如下：
甲酰胺化合物制备脊索肿瘤药物中的应用试剂盒

[发明专利]一种体外维持人造血干祖细胞干性的培养基及方法-CN201810306411.1有效
发明人： 郭国骥;姜蒙蒙;张庭月 -专利权人：浙江大学
申请日： 2018-04-08 - 公布日： 2020-07-24 - 主分类号： C12N5/0789 文献下载
摘要：本发明公开了一种体外维持人造血干祖细胞干性的培养基及方法，所述培养基包含基础培养基和维持小分子组合，所述维持小分子组合为CFO，其中C为CHIR99021、F为Forskolin、O为OAC1。本发明培养基能够在体外维持造血干祖细胞的干性，后续，在体外维持造血干祖细胞的干性的同时，可以研究如何使造血干祖细胞获得增殖的方法，从而能够在体外获得大量造血干祖细胞，为再生医学的细胞来源问题提供一种新的途径。
一种体外维持人造血干祖细胞干性培养基方法

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