本发明公开了一种适用于杨属不同树种茎的通用内参基因及其筛选方法和应用,属于分子生物学技术领域。所述通用内参基因包括核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1‑3所示的CNOT2、VPS35和CUL4基因。本发明公开的筛选方法能够获得现有报道以外的新内参基因,为不同杨树在各种不同条件下的茎部基因表达分析提供了更稳定、更理想的内参基因,对于开展杨树分子生物学研究和生物技术育种具有重要的指导作用;并利用qRT‑PCR验证实验,证实了新的内参基因的表达稳定性;该方法同样适用于其它属植物通用内参基因的筛选,为同一属内不同物种间的通用内参基因的筛选和鉴定提供重要参考。