本发明公开了柳杉不同组织的荧光定量内参基因及其专用引物和应用,属于植物分子生物学技术领域。该荧光定量内参基因为UBI、CYP和SDH1基因,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。本发明通过柳杉转录组数据筛选了12个候选内参基因基因序列,利用三款内参基因稳定性评测软件对候选内参基因的稳定性进行评估,获得了柳杉不同组织的实时荧光定量PCR的最适基因UBI、CYP和SDH1。并设计了内参基因的实时荧光定量PCR引物,该引物特异性强,扩增效率高,能够大大的提高采用实时荧光定量检测柳杉基因时的检测效率,并提高了检测结果的可信度。