本发明公开了一种多基因敲除突变体在早稻育种中的应用,所述多基因敲除突变体的基因GW2第4外显子位于基因组第2087位碱基A缺失,碱基序列如SEQ ID NO.1;同时多基因敲除突变体的基因SD1第1外显子位于基因组第359‑360位间插入碱基A,第377‑760位384bp替换为A,碱基序列如SEQ ID NO.2。本发明通过CRISPR/Cas9多基因技术成功获得了多基因突变体,所述多基因突变体与野生型早稻相比,穗数和千粒重增加,株高降低,显著提高了早稻的产量,而且抗倒伏,在早稻育种中有很大的应用价值。