本发明公开了一个棉纤维发育相关基因及其编码蛋白与应用。其目的是提供一个棉纤维发育相关基因及其编码蛋白与其在改良棉纤维品质中的应用。该基因是下述核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID №:1的多核苷酸;2)在高严谨条件下可与序列表中的SEQ ID №:1限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。本发明的基因与纤维细胞发育密切相关,并在纤维细胞的伸长和次生壁合成中具有负调控作用,在棉花中抑制表达该基因能显著改良纤维的长度和强度品质,从而为利用基因工程的方法控制纤维生长发育和改良纤维品质提供了一个新的功能基因和表达调控元件。本发明将在棉花纤维的品质改良中发挥重要作用。