本发明公开了一株重组毕赤酵母工程菌及其应用。所述重组毕赤酵母工程菌由毕赤酵母KM71基因组中插入多拷贝数的己糖氧化酶基因表达盒获得;所述己糖氧化酶基因核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明提供了一株高拷贝数高活性的重组毕赤酵母工程菌,利用该重组毕赤酵母工程菌进行高密度发酵获得的己糖氧化酶,最适温度为50℃,最适反应pH为4.0,在pH为3.0~6.0时酶活较为稳定,催化的底物谱较广,能催化D‑果糖、D‑葡萄糖、麦芽糖、D‑半乳糖、乳糖和纤维二糖的氧化,在食品和畜牧养殖等方面具有很好的应用潜力。