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[发明专利]一种DNA二代测序全流程质量分析方法-CN201811500844.7有效
发明人：杨文婷;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-12-10 - 公布日： 2022-05-17 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种DNA二代测序全流程质量分析方法，包括：步骤1)对生物样本进行基因测序；步骤2)上传基因测序得到的生物序列数据；步骤3)对原始测序序列文件fastq进行质量分析；步骤4)对完成与基因组比对的bam文件进行质量分析；步骤5)对变异信息vcf文件进行质量分析。本发明提供的DNA二代测序全流程质量分析方法，采用基因测序全流程给出详细的质量报告，可以确保每一步的正确性，在最后结果中可以给出正确的结果，而且对fastq、bam和vcf文件都做出详尽分析，质量分析报告不仅是对结果可靠性的一种评估作业，也是对最源头实验操作的一种反馈，可以很好地满足实际应用的需要。
一种 dna 二代测序全流程质量分析方法

[发明专利]检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法-CN202110226064.3在审
发明人：武欣;杨文婷 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2021-03-01 - 公布日： 2021-05-18 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明涉及一种检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，基于BAM文件作为输入文件，对肿瘤组织样本和其对照白细胞样本进行检测，检测不同样本类型panel中的HRR通路的突变信息和基因重组修复缺陷导致的大片段的染色体异常HRD，对肿瘤组织样本进行检测的步骤包括：1)检测HRR通路的单核苷酸突变；2)检测HRR区域的杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因失衡(TAI)、大片段状态转移(LST)，HRD评分＝LOH、TAI和LST评分的加权后总和。本发明提供的肿瘤患者的突变和HRD评分用药指导的方法。该方法优化了传统通过全基因组检测计算HRD值评分并不利于临床实效的方法，并且提升了计算速度，检测效果好，检测结果准确，可以很好地满足实际应用的需要。
检测肿瘤患者突变 hrd 评分指导用药方法

[实用新型]基于微通道板的薄膜电渗泵-CN201920089352.7有效
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮;赵炅东 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-10-25 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本实用新型涉及一种基于微通道板的薄膜电渗泵，包括：一上一下设置的两个聚碳酸酯容器以及夹在两个容器之间的微通道板；聚碳酸酯容器的第一端上由内向外依次设置有铜法兰和一个中心位置开设有盖板中心孔的丙烯酸树脂盖板，铜法兰的中心位置开设有法兰中心孔，法兰中心孔上覆盖有铂丝网；铜法兰上焊接有电极；聚碳酸酯容器的第二端上设置有一个丙烯酸树脂盖板；微通道板的上半部分和下半部分分别固定在两个丙烯酸树脂盖板的盖板中心孔内；每个聚碳酸酯容器壁上均设置有一连通聚碳酸酯容器内部的进出液管。本实用新型通过高密度的微通道板，具有无需复杂的加工即可实现在低驱动电压下产生稳定高压强和高流速的优良微泵性能，适用范围广。
聚碳酸酯容器微通道板丙烯酸树脂盖板铜法兰本实用新型盖板中心电渗泵薄膜低驱动电压法兰中心孔进出液管稳定高压一上一下依次设置由内向外第一端高流速中心孔电极丝网微泵焊接覆盖加工

[发明专利]一种蛋白质芯片荧光检测方法-CN201910046417.4在审
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-05-17 - 主分类号： G01N33/53 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质芯片荧光检测方法，包括：步骤一：在玻璃片表面进行PL处理；步骤二：对进行过PL处理的玻璃片进行ELISA实验；所述步骤一包括：步骤(1)分别使用丙酮、异丙醇和去离子水依次超声清洗玻璃片；步骤(2)将玻璃片用氮气吹干后，将玻璃片浸没在溶于水浓度为2.5M的NaOH溶液中室温下反应2h；步骤(3)使用流水冲洗干净玻璃片并氮气吹干，再用0.1％PL溶液室温下与玻璃片表面反应2h，清洗干净后得到表面附着有PL的玻璃载体。本发明提供的方法，操作简单，成本低，检测尺寸大小可调节和低浓度蛋白质的荧光检测性能，操作者只需首先制备所需PDMS模具，再在特定区域化学处理玻璃载体表面，就可得到所需大小的检测区域，捕获均匀。
玻璃片玻璃片表面氮气吹干芯片荧光种蛋白质检测玻璃载体表面浓度蛋白质表面附着玻璃载体超声清洗干净玻璃检测区域流水冲洗区域化学去离子水溶液室温荧光检测可调节异丙醇浸没丙酮制备捕获模具清洗

[发明专利]一种在固相载体特定区域选择性固定蛋白质的方法-CN201910046422.5在审
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-05-17 - 主分类号： G01N33/53 文献下载
摘要：本发明涉及一种在固相载体特定区域选择性固定蛋白质的方法，包括：步骤一：在硅衬底上光刻SU‑8模具；将PDMS溶液混合均匀，抽真空除干净气泡；将PDMS混合液倒在SU‑8模具上，加热固化，形成PDMS固化块，该PDMS固化块中心位置形成有凹坑；在凹坑的左右两端分别打一个进样口与出气口；进样口和出气口均与凹坑相连通；清洗玻璃片和该PDMS模具后，使玻璃载体与该PDMS模具贴合，用夹具将两者固定；在进样口、出气口加入PL溶液，清洗后得到表面附着有PL的玻璃载体；步骤二：对玻璃片进行ELISA实验。本发明操作简易且成本低廉，通过PDMS模具实现了固相载体特定区域的化学处理，实现荧光增强，大大提高了蛋白质芯片的检测灵敏度，对疾病的早期检测与诊断具有重要意义。
模具固相载体出气口进样口凹坑固定蛋白质区域选择性玻璃载体玻璃片固化清洗夹具蛋白质芯片检测灵敏度表面附着化学处理加热固化溶液混合荧光增强早期检测重要意义抽真空硅衬底混合液上光贴合简易诊断疾病

[发明专利]微流控芯片应用蛋白质检测的化学处理方法-CN201910046477.6在审
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-05-17 - 主分类号： G01N33/53 文献下载
摘要：本发明涉及一种微流控芯片应用蛋白质检测的化学处理方法，包括：步骤一：对玻璃片表面用BS³溶液进行处理，步骤二：在该表面键合有BS³的玻璃载体上进行ELISA实验，步骤一包括：使用丙酮、异丙醇和去离子水依次超声清洗玻璃片；用氮气吹干玻璃片后，对玻璃片表面进行plasma处理，再在玻璃片表面加入APTMS溶液，在室温下反应；将玻璃片清洗风干后，对该玻璃片加热，实现表面键合；恢复室温后在玻璃片表面加入BS³溶液，得到表面键合有BS³的玻璃载体。本发明提供的微流控芯片应用蛋白质检测的化学处理方法，得到的固相载体检测区域面积小，对cTnI捕获均匀，检测精度高，能够为抗原抗体检测和药物筛选等领域提供有力的技术支持，可以很好地满足实际应用的需要。
玻璃片表面微流控芯片应用蛋白质表面键合化学处理玻璃片检测玻璃载体抗原抗体检测玻璃片清洗超声清洗氮气吹干固相载体技术支持检测区域去离子水药物筛选异丙醇风干丙酮捕获加热应用恢复

[发明专利]用于检测肿瘤外周血样本变异序列的方法-CN201811588416.4在审
发明人：杨文婷;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-12-25 - 公布日： 2019-05-17 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于检测肿瘤外周血样本变异序列的方法，同时分别采用GeneReader算法和SiNVICT算法检测肿瘤外周血样本，将GeneReader算法检测肿瘤外周血样本所得到的结果与SiNVICT算法检测肿瘤外周血样本所得到的结果进行比对，保留一致的结果数据作为最终检测结果，所述GeneReader算法为将有监督的方法和无监督的方法相结合而得到的算法。本发明提供的用于检测肿瘤外周血样本变异序列的方法，灵敏度高，适用于肿瘤外周血样本，能非常灵敏地检测到变异信息，变异检测的准确度高，基本不会错过真实的突变信息，能通过多种参数来评判是否为可信变异信息从而有效过滤掉假阳性突变位点，可以很好地满足实际应用的需要。
外周血样本肿瘤变异序列算法检测算法检测变异信息准确度变异检测检测结果结果数据突变位点突变信息假阳性灵敏度无监督比对过滤灵敏可信评判保留应用监督

[发明专利]微流控芯片纳米信号增强结构加工方法-CN201910046479.5在审
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-04-19 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种微流控芯片纳米信号增强结构加工方法，包括：步骤一：利用倾斜角沉积的方法在固相载体玻璃片上制备集成金属纳米结构，所述金属纳米结构为金纳米结构或银纳米结构；步骤二：在集成有金属纳米结构的玻璃片表面加入DSP溶液，在室温下反应，得到金属纳米结构表面键合有DSP的集成金属纳米结构玻璃载体。本发明提供的微流控芯片纳米信号增强结构加工方法，加工工艺简单，通过在固相载体的指定区域蒸镀金属纳米结构，通过局部表面等离子体共振效应实现荧光增强，大大提高了蛋白质芯片的荧光检测灵敏度，对疾病的早期检测与诊断具有重要参考价值，可以很好地满足实际应用的需要。
金属纳米结构微流控芯片纳米信号增强结构固相载体加工等离子体共振玻璃片表面蛋白质芯片银纳米结构表面键合玻璃载体局部表面纳米结构荧光检测荧光增强早期检测制备集成玻璃片灵敏度沉积蒸镀诊断参考疾病应用

[发明专利]一种基于云计算基因序列数据质控管理方法-CN201811439230.2在审
发明人：杨文婷;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-11-29 - 公布日： 2019-04-05 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于云计算基因序列数据质控管理方法，包括：样本临床信息管理、实验数据管理、数据全流程质控和分析结果管理。样本临床信息管理的检测项目包括基因组学分析、转录组学分析，基因组学分析包括全基因组测序、全外显子测序和靶向区域测序；转录组学分析包括基因融合、可变剪切和差异表达分析。本发明将实验环节与分析环节紧密联系在一起，既让分析人员能够全面了解临床信息、样本信息、实验结果，有助于其进行后续分析，提高分析结果的精准性，又能帮助实验人员了解测序数据的质量，从而反思实验过程中存在的不足之处，进而提高实验质量，可以很好地满足实际应用的需要。
临床信息分析质控基因序列基因组学云计算转录组测序管理样本数据管理外显子测序靶向区域测序数据差异表达后续分析基因融合可变剪切全基因组实验过程实验环节样本信息全流程检测环节应用帮助

[发明专利]基因数据多维度注释的数据管理系统-CN201811439231.7在审
发明人：杨文婷;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-11-29 - 公布日： 2019-04-05 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基因数据多维度注释的数据管理系统，包括实验数据库、临床信息注释模块、实验数据注释模块、数据质控注释模块、分析结果注释模块和随访信息注释模块；临床信息注释模块管理样本临床信息并传送到实验数据注释模块；实验数据注释模块分析处理数据，将数据传送到数据质控注释模块；数据质控注释模块对数据进行全流程质控，分析数据并传送给分析结果注释模块；分析结果注释模块注释数据并传送到实验数据库存储。本发明使临床信息记录规范化，信息记录更加完整，解决了目前存在的临床信息时间断点问题，能够对数据进行规范管理，为后续研究奠定基础，使分析结果解读具备更充分的意义，对所有数据进行了有效管理。
临床信息质控实验数据数据管理系统实验数据库基因数据多维度处理数据分析数据模块分析模块管理时间断点数据传送信息注释有效管理注释数据全流程解读样本存储规范化记录研究管理

[发明专利]基于微通道板的薄膜电渗泵及其检测压强与流速的方法-CN201910046418.9在审
发明人：杨文婷;曹臻;陈亮;赵炅东 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2019-03-29 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于微通道板的薄膜电渗泵及其检测压强与流速的方法，电渗泵包括两聚碳酸酯容器以及夹在两容器之间的微通道板；聚碳酸酯容器的第一端上设置有铜法兰和开设有盖板中心孔的丙烯酸树脂盖板，铜法兰开设有覆盖有铂丝网的法兰中心孔；聚碳酸酯容器第二端上设置有丙烯酸树脂盖板；微通道板的上半部分和下半部分分别固定在两丙烯酸树脂盖板的盖板中心孔内；聚碳酸酯容器壁上设置有进出液管。本发明的电渗泵具有可在低驱动电压下产生稳定高压强和高流速的性能，只需将电渗泵腔体用待测液充满，再在两个电极上加入所需电压，就会进入工作状态，并在进液管和出液管检测所需信息并分析处理，对压强与流速的检测快速便捷、结果准确。
电渗泵聚碳酸酯容器微通道板压强丙烯酸树脂盖板检测盖板中心铜法兰薄膜低驱动电压法兰中心孔分析处理进出液管稳定高压电极出液管待测液第一端高流速进液管丝网覆盖

[发明专利]检测基因组多突变类型的方法-CN201811588377.8在审
发明人：杨文婷;陈亮 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-12-25 - 公布日： 2019-02-15 - 主分类号： C12Q1/6827 文献下载
摘要：本发明涉及一种检测基因组多突变类型的方法，基于BAM文件作为输入文件，对肿瘤组织样本进行检测，检测不同样本类型的多种突变信息，对肿瘤组织样本进行检测的步骤包括：1)检测单核苷酸突变；2)检测插入缺失；3)检测结构变异；4)检测复杂变异。本发明提供的检测基因组多突变类型的方法，采用有监督的方法和无监督的方法相结合得到的GeneReader算法检测插入缺失，优化了局部比对的精准度，并且在速度上做到了随测序深度的增加成线性增长，检测效果好，检测结果准确，可以很好地满足实际应用的需要。
检测突变类型基因组肿瘤组织样本单核苷酸突变复杂变异检测结果结构变异局部比对输入文件算法检测突变信息线性增长样本类型精准度无监督种检测测序应用优化监督

[发明专利]一种基于纳米结构的高性能片上毛细管电泳系统-CN201811147769.0在审
发明人：曹臻;杨文婷;陈亮;赵炅东 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-09-29 - 公布日： 2019-01-08 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本发明公开了属于生物技术的一种基于纳米结构的高性能片上毛细管电泳系统。本发明包括三维纳米阵列、微流控芯片，所述三维纳米阵列集成在玻璃片的检测区域，微流控芯片由两个微米尺寸的通道垂直相交得到(十字沟道)，通道的四个顶端各连接1个进样口。本发明通过毛细管电泳系统将整个检测过程集成在微流控芯片上，因而进样量少、反应速度快且操作简单便捷。同时，通过在检测区域集成金属纳米结构实现荧光增强，大大提高了芯片的检测灵敏度。
毛细管电泳系统微流控芯片检测区域纳米结构纳米阵列三维金属纳米结构反应速度快检测灵敏度垂直相交过程集成十字沟道荧光增强玻璃片进样口进样量生物技术芯片检测

[发明专利]一种基于微纳流体的蛋白质检测芯片及其制备方法-CN201811148599.8在审
发明人：曹臻;杨文婷;陈亮;赵炅东 -专利权人： 江苏医联生物科技有限公司
申请日： 2018-09-29 - 公布日： 2019-01-04 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了属于生物技术的一种基于微纳流体的蛋白质检测芯片及其制备方法，蛋白质检测芯片将进样、反应与检测集成在一块微流控芯片上，通过金属纳米结构的荧光增强效应实现极高的检测灵敏度。与传统方法相比，本发明实现了蛋白质的快速高灵敏度检测，无需复杂操作自动化完成检测全过程。同时，本发明基于微纳加工工艺提出其大规模制备方法，降低芯片成本，适合大规模生产与应用。
蛋白质检测芯片制备纳流体金属纳米结构检测灵敏度微流控芯片复杂操作高灵敏度检测集成微纳加工芯片成本荧光增强检测进样蛋白质生物技术自动化应用

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