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[发明专利]测定一生物样品的一甲基化图谱的方法-CN202310582280.0在审
发明人：安东·瓦卢耶夫;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2017-08-10 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开一种测定一生物样品的一甲基化图谱的方法。在各种实施例中，所述方法使用从单一样品的等分试样平行制备的亚硫酸氢盐转化的定序库和亚硫酸氢盐的定序库来鉴定甲基化位点和模式。
测定生物样品甲基化图谱方法

[发明专利]制备双标签DNA库用于亚硫酸盐转化定序的方法-CN201780062340.9有效
发明人：安东·瓦卢耶夫;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2017-08-10 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开多种使用亚硫酸氢盐转化定序制备双标签核酸库用于甲基化图谱的方法。在各种实施例中，所述方法使用两步骤标签程序来标记具有独特分子标识物(UMIs)的亚硫酸氢盐处理的DNA。
制备标签 dna 用于亚硫酸盐转化方法

[发明专利]卷积神经网络系统及数据分类方法-CN201980037053.1有效
发明人：弗吉尔·尼古拉;安东·瓦卢耶夫;达莉亚·菲利波娃;马修·H·拉森;M·赛勒斯·马厄;莫妮卡·波特拉·朵斯·桑托斯·皮门特尔;罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫;科林·梅尔顿 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2019-05-31 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： A61K45/00 文献下载
摘要：本发明提供一物种的多个不同的癌症状况中的癌症状况的分类，其中针对多个训练对象中的每个训练对象，获得一癌症状况以及包括所述各自的训练对象的基因型信息的一基因型数据构建。多个基因型构建被格式化为包括一个或多个向量的多个相应的向量集。多个向量集被提供给一网络架构，所述网络架构包括一卷积神经网络路径，所述卷积神经网络路径包括与一第一过滤器相关联的至少一第一卷积层，所述第一过滤器包括一第一组过滤器权重以及一评分器。从所述评分器获得对应于多个向量集到所述网络架构的输入的多个分数。多个各自的分数与所述多个相应的训练对象的所述相应的癌症状况的比较被用于调整所述多个过滤器权重，从而训练所述网络架构，以对癌症状况进行分类。
卷积神经网络系统数据分类方法

[发明专利]甲基化DNA片段富集方法、组合物及套组-CN202180050552.1在审
发明人：克雷格·贝茨;戈登·卡恩;郑炳硕;内森·亨克皮勒 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-06-20 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： C12Q1/6827 文献下载
摘要：本文提供一种加工一输入样本的方法，也涉及套组和组合物。在各种情况下，公开涉及提供一种输入样本，包含多个核片段，其中在至少一部分的所述多个核酸片段中的每个片段包含一或多个甲基化胞嘧啶；将所述输入样本的多个核酸片段的未甲基化胞嘧啶转化为多个尿嘧啶，产出多个转化的片段；使用多个核苷酸的一混合物复制所述多个转化的片段，所述混合物包含下列的一混合物：多个结合部分修饰的胞嘧啶和多个缺乏结合部分的胞嘧啶；多个结合部分修饰的鸟嘌呤和多个缺乏结合部分的鸟嘌呤；或者多个结合部分修饰的胞嘧啶、多个缺乏结合部分的胞嘧啶、多个结合部分修饰的鸟嘌呤以及多个缺乏结合部分的鸟嘌呤；其中所述复制产出多个结合部分修饰的片段和多个未修饰的片段的一混合物，所述未修饰的片段可被分离以提供一组富集多个甲基化片段的多个片段。
甲基化 dna 片段富集方法组合

[发明专利]人乳头瘤病毒相关癌症的检测及分类-CN202180050446.3在审
发明人：罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫;M·赛勒斯·马厄;约翰·F·博桑;约格·布登诺;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-06-17 - 公布日： 2023-04-11 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本文描述的系统及方法包括检测一生物样品中HPV的存在或不存在，所述生物样品具有来自一对象的无细胞核酸及来自HPV毒株的潜在的无细胞核酸。基于所述生物样品中的HPV病毒核酸的检测，应用一基于HPV的多类分类器，所述分类器预测每种HPV相关癌症类型的评分。所述基于HPV的多类分类器在HPV阳性癌症样品的训练集上进行训练。基于所述HPV多类分类器预测的评分来确定与所述生物样品相关的HPV相关癌症。
乳头病毒相关癌症检测分类

[发明专利]用于评估纵向生物特征数据的系统和方法-CN202080094549.5在审
发明人： M·赛勒斯·马厄;亚历克斯·阿尔法尼斯;安吉拉·赖;奥利弗·克劳德·维恩;理查德·拉瓦;晶·项;约瑟夫·马库斯 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2020-11-25 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：提供了用于确定一测试对象是否患有一疾病状况的系统和方法。在一个方面，所述方法包括确定一测试对象的至少第一基因型数据结构和第二基因型数据结构，其由在不同时间分别从来自所述对象的第一样本和第二样本收集的数据形成。将所述第一基因型数据结构和所述第二基因型数据结构输入到所述疾病状况的一模型中，从而分别产生所述疾病状况的第一模型得分集和第二模型得分集。基于所述第一模型得分集与所述第二模型得分集之间的一差异来确定一测试δ得分集。对照多个参考δ得分集来评估所述测试δ得分集，以确定所述测试对象的所述疾病状况，其中每个参考δ得分集用于多个参考对象中的一相应参考对象。
用于评估纵向生物特征数据系统方法

[发明专利]使用自动编码器确定癌症状态的系统和方法-CN202180032546.3在审
发明人：弗吉尔·尼古拉;约书亚·纽曼 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-03-04 - 公布日： 2023-02-14 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开一种用于区分癌症状态的方法。获得具有第一癌症状态的多个受试者的第一数据集。每个受试者具有多个核酸甲基化片段，其甲基化图谱包括CpG位点甲基化状态。通过评估自动编码器的重建中的第一数据集中每个核酸甲基化片段的甲基化图谱和核酸序列的误差，来训练包括编码器和解码器的自动编码器。获得具有第二癌症状态的多个受试者的第二数据集。通过将第二数据集中每个核酸甲基化片段的甲基化图谱和核酸序列输入到经过训练的自动编码器中，并计算自动编码器的重建中由甲基化图谱确定的分数，可以识别多个特征。多个特征用于训练用于判别癌症状态的监督模型。
使用自动编码器确定癌症状态系统方法

[发明专利]根据性能度量生成癌症检测分析组-CN202180036132.8在审
发明人：项晶;安东·瓦卢耶夫 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：一种系统，生成癌症检测分析组。该系统被配置成生成具有最小化尺寸和数量的基因组区域、同时仍能检测在特定性能阈值处或之上的癌症的存在的测定。为了选择用于分析组的基因组区域，系统采用分类模型。分类模型接收可以与疾病存在相关联的一组基因组区域。然后，该模型确定每个基因组区域的灵敏度记分，并根据其记分对这些区域进行排序。灵敏度记分是基于基因组区域中的变异指示癌症的可能性。然后，该模型基于它们的排序顺序选择用于分析组的基因组区域。该模型针对所需的检测性能而仅选择所需的尽可能多的基因组指示物。基因组区域可以与实体癌或液体癌、病毒区域或癌症热点相关。
根据性能度量生成癌症检测分析

[发明专利]用于血浆游离RNA分析的多种方法-CN202180039805.5在审
发明人：露丝·E·蒙兹;马修·拉森;阿卡纳·雪诺伊;阿拉什·詹姆席狄;大卫·伯克哈特 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-06-16 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： C12Q1/6809 文献下载
摘要：提供了测量多个血浆游离(cell‑free)核糖核酸(RNA)分子的多个亚群的多种方法。在一些实施例中，提供了从获自一受试者的一测试样本中的多个RNA分子生成一测序文库的多种方法，以及用于分析所述测序文库以检测，例如一疾病的所述存在或不存在的多种方法。
用于血浆游离 rna 分析多种方法

[发明专利]使用合成添加训练样品进行癌症分类-CN202180026777.3在审
发明人： M·赛勒斯·马厄;萨缪尔·S·格罗斯;约书亚·纽曼;约格·布登诺;奥格尼恩·尼科利奇 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-03-29 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：公开了多种用于检测癌症及/或确定癌症起源组织的方法及系统。公开了一种多类癌症分类器，所述多类癌症分类器通过含有多个cfDNA片段的多个生物样品以及从所述多个生物样品产生的至少一合成训练样品来被训练。分析系统通过从被标记为癌症的一训练样品中抽样多个片段以及从另一个被标记为非癌症的训练样品中抽样多个片段来生成合成训练样品。抽样概率是基于所述癌症分类器的检测的一限度来被确定的，例如，以便生成具有接近检测的限度的癌症肿瘤分数的合成训练样品。
使用合成添加训练样品进行癌症分类

[发明专利]鉴定可鉴别或指示癌症病状的甲基化模式-CN202180030453.7在审
发明人：科林·梅尔顿;厄尔·哈贝尔;奥利弗·克劳德·维恩 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-02-26 - 公布日： 2022-12-06 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明提供一种鉴定可鉴别或指示一癌症病状的甲基化模式的系统及方法。获得第一数据集及第二数据集。各个数据集包括多个片段甲基化模式，所述多个片段甲基化模式是通过从一第一组受试者或一第二组受试者的核酸进行甲基化测序而测定，且包括在一相应多个CpG位点中的各个CpG位点的甲基化状态。多个受试者中的各个具有一各自癌症病状况的第一状态或第二状态。为各自数据集产生第一区间图及第二区间图，各个数据集包括多个节点，其特征在于一起始甲基化位点、一结束甲基化位点、各个不同片段甲基化模式的表征及多个片段的计数。扫描第一区间图及第二区间图，以在一预定范围的CpG位点内限定满足一或多个选择标准的甲基化模式，从而鉴定可鉴别一癌症病状的甲基化模式。
鉴定鉴别指示癌症病状甲基化模式

[发明专利]使用基因组区域建模进行癌症分类-CN202180023008.8在审
发明人：萨缪尔·S·格罗斯;约书亚·纽曼;弗吉尔·尼古拉 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2021-03-29 - 公布日： 2022-11-11 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：公开了多种用于检测癌症及/或确定癌症起源组织的方法及系统。片段被分成基因组区域，其中对每个基因组区域训练区域模型。片段输入到区域模型中，并且输出用于生成癌症分类的特征向量。在一个实施方案中，区域模型是浅层神经网络，配置为生成指示片段源自癌症生物样品的似然的分数。特征向量是基于具有高于各个基因组区域的阈值分数的片段的计数来确定的。在另一实施方案中，区域模型配置为生成用于片段的输入甲基化嵌入的区域嵌入。区域嵌入按区域池化(pool)，然后再次池化以生成特征向量。
使用基因组区域建模进行癌症分类

[发明专利]使用甲基化信息估计细胞来源分数的系统和方法-CN202080093998.8在审
发明人：项晶;罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2020-12-18 - 公布日： 2022-10-18 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：提供了识别用于估计受试者细胞来源分数的多个特征的方法。对于多个训练受试者中的每个相应的训练受试者，获得了相应的训练的多个游离片段中的每个相应的游离片段中的相应甲基化模式和相应受试者癌症适应症。每个游离片段被映射到多个仓中的一个仓，每个仓代表人类参照基因组。在将相应的游离片段的相应甲基化模式输入分类器时，游离片段癌症状况被分配给每个游离片段，作为分类器的输出的一函数。对于每个仓，确定了受试者癌症状况和游离片段癌症状况之间的关联的度量。用于估计受试者细胞来源分数的多个特征被识别作为多个仓的子集。
使用甲基化信息估计细胞来源分数系统方法

[发明专利]使用补丁卷积神经网络的癌症分类-CN202080096315.4在审
发明人：弗吉尔·尼古拉;奥格尼恩·尼科利奇;亚苏锡·齐藤;马里斯·埃里克森;乔希·纽曼;达莉亚·菲利波娃;亚力山大·伊普;奥利弗·克劳德·维恩;约格·布登诺;刘勤文;亚历山大·P·菲尔兹 -专利权人： 格里尔公司
申请日： 2020-12-11 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：提供多种用于确定一物种的一对象的一癌症状态的方法，所述方法包括：获得片段甲基化模式的一数据集，所述片段甲基化模式通过对来自所述对象的一生物样品的核酸的一甲基化测序而确定。片段甲基化模式包括所述片段中的每个CpG位点的所述甲基化状态。补丁包括一通道，所述通道包括由所述补丁代表的所述参考基因组中一组CpG位点中的各自的CpG位点的所述甲基化状态的参数，针对所述多个片段中与所述CpG位点集比对的每个各自的片段，基于所述各自的片段的所述甲基化模式，填充所述多个参数的全部或部分的一实例来建构所述补丁。将所述补丁应用于一补丁卷积神经网络以确定所述对象的所述疾病状况。
使用补丁卷积神经网络癌症分类

[发明专利]确定循环核酸的线性和环状形式-CN202080020714.2在审
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;吉璐;冼子君;张海强;邓佳恩 -专利权人：香港中文大学;格里尔公司
申请日： 2020-03-25 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：提供了用于分析生物样品中环状DNA的技术，其包括用限制性酶或转座酶切割以使环状DNA线性化，以便可以对其进行测序；使用一种或多种标准来鉴定线性化DNA分子；以及分析所鉴定的分子以测量所述生物样品的特性。
确定循环核酸线性环状形式

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