本发明公开了灵芝过氧化物酶GlDyP基因及其编码蛋白和应用,属于真菌分子生物学领域。本发明公开的灵芝过氧化物酶GlDyP基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示;本发明从灵芝不同发育阶段的转录组数据出发,挖掘到在灵芝菌丝阶段表达量较高的过氧化物酶GlDyP基因,通过大肠杆菌重组表达GlDyP基因,经镍柱纯化获得具有活性的G1DyP蛋白。该G1DyP蛋白可氧化过氧化物酶底物和木质素模型化合物,可使蒽醌染料、偶氮染料和三甲苯烷类等染料脱色,将其投入到环境污染治理中,具有巨大的应用潜力及可利用价值。