本发明提供了一种齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记及其应用,所述SNP标记包括SNP1标记和SNP2标记,核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。当SNP1和SNP2两个位点的基因型均为纯合CC时,待测齐口裂腹鱼个体生长速度更快。选择在SNP1和SNP2位点处基因型都为CC的个体杂交,则后代个体在SNP1和SNP2位点处基因型都为纯合CC,后代个体都为快速生长类型。本发明的SNP标记与齐口裂腹鱼的生长速度紧密相关,能够在鱼苗培养早期根据育种需要选择亲本,利用本发明标记进行辅助育种,进而加快齐口裂腹鱼优良品种培养进程。