本发明公开了簇毛麦6V染色体长臂(6VL)特异性标记6VL-358的引物对序列及其用法,可用于小麦遗传背景中6VL染色体的追踪及其控制的抗小麦秆锈病性状的标记辅助选择。所述引物对中的一条引物的脱氧核糖核苷酸序列如序列表中序列SEQ ID NO.1所示,所述引物对中的另一条引物的脱氧核糖核苷酸序列如序列表中序列SEQ ID NO.2所示。利用所述引物对对小麦-簇毛麦T6AS.6VL抗秆锈病易位系为亲本的分离群体进行PCR检测时,若扩增产物中含有358bp条带,则所述待测植物对秆锈病表现抗病;若扩增产物中不含358bp条带,则所述待测植物丧失由6VL染色体控制的秆锈病抗性。本发明标记为共显性标记,特别有利于在育种早代筛选出抗秆锈病纯合体。