本发明公开了一种能够鉴定吴江香青菜的ISSR‑SCAR标记及其鉴定方法。本方法是通过对吴江香青菜和其它10种青菜品种进行总DNA提取、PCR扩增、引物筛选和ISSR‑SCAR检测,最终确定了吴江香青菜的ISSR‑SCAR分子标记及其分子鉴别方法。使用本发明公开序列如SEQ ID NO1所示的引物扩增得到序列如SEQ ID NO2所示的特异性片段。根据该序列,设计序列如SEQ ID NO3和SEQ ID NO4所示的一对引物。本发明操作简便、稳定可靠,是第一个应用于吴江香青菜品种的分子鉴定标记,可用于该品种快速鉴定,同时对保护地理标志产品的种质资源具有重要的意义。