本发明公开6个怀远石榴优良品种的SSR指纹图谱，6个怀远石榴优良品种分别为：白玉石籽、大笨子、红粉皮、红玉石籽、玛瑙籽、晶花玉石籽；SSR指纹图谱是基于8对SSR引物构建的指纹图谱，8对SSR引物分别为：PG080、PG130、PG139、PG152、PG098、PG077、PG090、PG093，其核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1‑16所示，构建的6个品种的SSR指纹图谱特征如表1所示。本发明还公开了其构建方法及其应用。本发明为6个石榴品种的真伪鉴定、育种利用和新品种权利保护提供了理论依据。
本发明公开了基于石榴全基因组序列开发的SSR核心引物组及其应用，该引物组包括11对引物：PG080、PG130、PG139、PG152、PG153、PG140、PG098、PG070、PG077、PG090、PG093，其核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1‑22所示。本发明的SSR核心引物组具有多态性高，重复性好、标记稳定、带型清晰易判读等优点，可用于石榴品种鉴定、DNA指纹图谱构建及遗传多样性评价与系统发育研究等领域，为石榴分子标记辅助选择提供了新的工具，具有良好的应用前景。
