本发明属于家畜分子标记育种技术领域,具体涉及一种快速鉴别杂交水牛染色体核型的方法。本发明根据水牛RBP3基因的两个突变位点,其核苷酸序列分别如序列表SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示,设计出两对引物,对杂交水牛的DNA进行PCR扩增,得到两种扩增产物;最后对所得到的扩增产物进行酶切、分型,从而快速、准确地辨别杂交水牛的三种核型。本发明首次证明上述两个突变位点与杂交水牛染色体核型相关,并且可以利用这两个突变位点快速鉴别杂交水牛的染色体核型,可以作为杂交水牛的分子标记选育手段,加速杂交水牛的选育效率。