本发明属于基因工程领域,具体涉及一种检测Frey1基因的引物组合物、试剂盒及其检测方法,所述检测Frey1基因的引物组合物,包括上游引物、下游引物和探针,所述上游引物的序列如SEQ ID NO.1所示,所述下游引物的序列如SEQ ID NO.2所示;所述探针序列如SEQ ID NO.3所示。本发明提供了一种检测Frey1基因的引物组合物、试剂盒及其检测方法,通过采用本发明公开的引物组合物在进行检测时,能够快捷的检测出Frey1基因缺失与否,对男性生育力评估具有重要的临床指导意义。此外,通过采用本发明的引物组合物和探针具有较高的灵敏性和特异性,整个过程快速准确、简便易行。