本发明公开了一种耐有机溶剂蛋白酶高产菌株,其蛋白酶基因以及该蛋白酶在有机相中催化肽合成中的应用。该菌株分类命名为Pseudomonas aeruginosaPT121,其保藏登记号为:CCTCC M 208029,为革兰氏阴性菌株,能耐受一定浓度的多种有机溶剂。本发明分离克隆到该菌所产耐有机溶剂的蛋白酶编码基因,它具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,其氨基酸序列示于SEQ ID NO:2。该耐有机溶剂蛋白酶具有产量高、比活高、溶剂耐受性强、作用pH范围广、耐高温等性质。该蛋白酶具有有机相中催化肽合成等工业应用价值。