本发明公开了一种利用SSR标记快速鉴定种苗期马蹄莲类型的引物组、方法、试剂盒及其应用。所述引物组包含引物对Zah27、Zah89和Zah102中的至少一种;所述引物对Zah27碱基序列如序列表中SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示;所述引物对Zah89碱基序列如序列表中SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示;所述引物对Zah102碱基序列如序列表中SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示。本发明的方法具有操作简单、检测效率高等优点,填补了当前马蹄莲属内组间种苗早期鉴定技术缺失的空白,能够有效打击假冒种苗的销售和传播,保护马蹄莲种苗购买者的合法权益。