本发明属于基因工程领域,涉及一种嗜盐古菌胞外蛋白酶截短体的制备方法及其应用;步骤为:将重组质粒pET28a‑hlyA转化原核宿主,诱导表达得嗜盐古菌蛋白酶,对其进行纯化和复性,孵育后得到高纯度的嗜盐古菌胞外蛋白酶截短体HlyA△CTE,其氨基酸序列为HlyA的成熟酶序列缺少了CTE结构域(SEQ ID No.1)。HlyA△CTE具有优良的酶学特性,尤其是在高温、低盐、高盐、碱性等环境下均具有良好的稳定性;同时HlyA△CTE可用于催化蛋白类底物水解,包括对偶氮酪蛋白为代表的大分子蛋白质底物的催化作用,具体应用于鱼露发酵中促进对鱼蛋白的水解,为高盐、高温等环境中的蛋白降解提供新型酶制剂。