本发明属于水稻育种技术领域，具体涉及一种水稻叶色调控基因AF1及其应用。本发明提供了一种水稻叶色的调控基因AF1，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。该基因编码蛋白位于叶绿体中，通过和PYG7互作调控PSI组装实现水稻叶色的调控，可以作为标记用于水稻分子育种，对于水稻分子育种有着重要的意义。
本发明公开了一种水稻抗性基因OsRLR1及对稻瘟病抗性的应用，所述水稻抗性基因OsRLR1为LOC_Os10g07978基因在953bp处的碱基A替换为了T，第318位的编码氨基酸由谷氨酸变为了缬氨酸，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。该基因的表达显著增强了水稻对稻瘟病菌的抗性，且不对产量性状产生负面影响，为水稻抗稻瘟病的抗性育种提供了新的基因资源，将克隆的抗稻瘟病基因OsRLR1转入植物中，有助于获得新的抗病植物。
本发明公开了水稻胞间连丝基因及其突变基因、编码的蛋白和应用。水稻胞间连丝基因POSTMAN1的核苷酸序列如SEQ ID No.14所示，氨基酸序列如SEQ ID No.16所示，水稻胞间连丝突变基因postman1d的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示，氨基酸序列如SEQ ID No.17所示。与野生型相比，胞间连丝突变基因postman1d在水稻第条7染色体LOC_OS07G01520基因编码框中第421碱基由T转换为A，并导致第141位的编码氨基酸由酪氨基酸突变为天冬酰胺，该基因突变后的水稻postman1‑D突变体幼叶基部维管束韧皮部胞间连丝增加，且从苗期开始叶尖黄化并积累大量淀粉、蔗糖和葡萄糖，通过杂交发现该性状为显性性状，因此能够利用此性状选育新品种，对水稻的遗传育种具有重要意义。
本发明涉及一种水稻白化转绿叶基因VAL1及其编码的蛋白和应用，水稻白化转绿叶基因VAL1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示，与野生型相比，水稻白化转绿叶基因VAL1在第3个外显子上的T碱基转换为C碱基，从而导致突变体中氨基酸由苯丙氨酸变为丝氨酸。该基因突变后，val1突变体在幼苗早期出现白化叶片；从幼苗后期至分蘖期，叶片逐渐转绿且叶片边缘白化，表现出混合表型；在抽穗期，叶片几乎呈灰绿色，只有少数叶片表现出边缘白化。通过杂交发现该性状为隐性性状，因此能够利用此性状进行新品种的选育和种子纯度鉴定，对水稻的遗传育种具有重要意义。
