本发明公开了一种阳春砂和海南砂种间杂交种及其亲本的鉴定方法,提供了阳春砂和海南砂的单倍型分子标记,所述单倍型分子标记含有4个SNP位点;所述鉴定方法为:提取被鉴定的样本的基因组DNA;对基因组DNA进行高通量测序;以核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的序列作为参比序列,检测高通量测序数据的单倍型分子标记类型,判定被鉴定的样本的品种;还根据被鉴定的样本及其相近物种的叶绿体基因组构建系统发生树,判定被鉴定的样本的母本。本发明提供了一种简便、高效的阳春砂和海南砂种间杂交物种分子鉴定的方法,根据ITS2基因的单倍型鉴定植物种间杂交种,同时结合叶绿体基因组分析,有效判定杂交种的亲本来源,解决了种间杂交种不易区分鉴定的技术难题。