一种IFF Mark XIIA Mode5信号高灵敏度检测方法及系统,该方法为:IFF信号经过ADC采集,得到数字中频信号,数字中频信号经过DDC下变频后,计算信号的幅度和相位信息。将信号的幅度信息过门限检测,形成脉冲框架,并采用脉冲框架修复技术修复脉冲框架,脉冲框架与Mode5的脉冲框架进行匹配,得出匹配结果。根据信号的相位信息,对数字中频信号进行MSK解调解码,得到MSK码字;将MSK码字与扩频映射表进行相关匹配,根据最优匹配进行码字纠错。根据脉冲框架匹配和MSK解码置信度评估,快速检测出Mode5信号。本发明通过脉冲修复技术,有效提高信号检测灵敏度,通过MSK相关码字检测技术,不仅消除了脉冲修复带来的虚警问题,也降低了信号解调误码率。