本发明公开一种富含生防菌的轻质机插水稻育秧基质及其制备方法,属于水稻育秧基质技术领域。水稻育秧基质由A类组分和B类组分组成,A类组分包括以下体积份原料:40~60份复合发酵物、20~25份椰糠、5~10份锯末、5~10份煤渣和5~10份蛭石;B类组分包括以下质量份原料:2~4份复合添加物和45~55份硝基腐殖酸;水稻育秧基质由每立方米A类组分与45~60 kg B类组分混合制成。本发明水稻育秧基质原料来源广泛,透气性好、质地松软、保水保肥能力强,育秧发芽率高,培育的秧苗根系发达、盘结力强,秧毯质量轻,机插漏秧率低,秧苗栽插后早生快发能力强,能为稻田补充有机质,改善稻株根区微环境。