本发明公开了一种日本血吸虫含EF-hand结构域钙结合蛋白(SjEFCAB)重组抗原蛋白的制备方法,包括设计SEQ ID NO.3或其互补链为5′引物,SEQ ID NO.4或其互补链为3′引物,进行日本血吸虫SjEFCAB基因序列的扩增;日本血吸虫SjEFCAB重组质粒的构建和鉴定;重组蛋白的诱导表达和纯化等步骤。此外,本发明还公开了采用上述方法制得的日本血吸虫SjEFCAB重组抗原蛋白在制备检测日本血吸虫病患者血清抗体的产品中的应用。经过酶联免疫吸附试验(ELISA)的验证,本发明的日本血吸虫SjEFCAB重组抗原蛋白用于日本血吸虫病的诊断具有较高的敏感性和特异性,是潜在的诊断候选靶标,可以作为日本血吸虫病诊断的目的抗原。