本发明涉及基因工程及遗传育种领域,具体涉及水稻OsMKKK10突变蛋白及其编码基因与应用,所述水稻OsMKKK10突变蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,编码该突变蛋白的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,是如SEQ ID NO.3所示的水稻OsMKKK10基因的第571‑996位的碱基缺失而得。本发明提供的水稻OsMKKK10突变蛋白具有提高水稻籽粒长度的功能,转化OsMKKK10突变蛋白编码基因的水稻的籽粒长度较野生型显著提高。水稻籽粒增大能够提高水稻的产量和品质,因此,本发明提供的OsMKKK10突变蛋白可用于水稻籽粒性状的调控,以提高水稻产量。