本发明涉及微生物鉴定技术领域,尤其涉及一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用。本发明提出如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在用于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。本发明提出嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法,提取待测菌株的基因组DNA,针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物,对基因组DNA进行扩增,通过对比实际扩增产物与目的扩增产物的长度,以及多态性位点碱基的情况判定嗜热链球菌本发明利用链球菌属的特有保守基因序列,提出了一种简单、快速的嗜热链球菌CICC 6038菌株鉴定方法。