本发明属于生物医药技术领域,具体涉及一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其临床应用。本发明提供了一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔真菌微生物基因标志物(口腔真菌微生物模型),由SEQ ID NO:1‑2所示的2种真菌微生物基因组成,所述微生物基因在人体口腔中富集。因此,本发明的真菌微生物基因区别模型在新冠肺炎感染患者和非感染者中实现了良好的区别能力,也验证了该区别模型在中国不同地域中的可行性、适用性和普适性。同时证明了该真菌区别模型能够弥补RT‑PCR检测的不足,将感染新冠病毒的疑似患者从健康人群的鉴定出来。