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[发明专利]菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质-CN202010813204.2在审
发明人：孙清岚;史文聿;范国梅;吴林寰;马俊才 -专利权人：中国科学院微生物研究所
申请日： 2020-08-13 - 公布日： 2020-12-04 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开提供了菌株基因组注释查询方法、装置、电子设备及存储介质。该方法的一具体实施方式包括：接收终端设备发送的菌株基因组注释查询请求，其中，菌株基因组注释查询请求包括待查询菌株测序项目标识，在菌株基因组注释数据库中查询菌株测序项目标识与待查询菌株测序项目标识匹配的菌株基因组测序信息，其中，菌株基因组测序信息包括菌株编号、菌株测序项目标识以及基因组注释，菌株基因组注释数据库存储至少一个菌株基因组测序信息，将查询到的菌株基因组测序信息中的基因组注释发送至终端设备。该实施方式实现了菌株基因组注释的准确查询。
菌株基因组注释查询方法装置电子设备存储介质

[发明专利]自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备-CN201811496923.5有效
发明人：侯晓帆;胡菲菲;蔡文君;李明壮 -专利权人：荣联科技集团股份有限公司
申请日： 2018-12-07 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备，包括：获取受检者的遗传信息和样本信息，所述样本信息包括变异注释文件，所述变异注释文件包括基因注释信息；选取基因检测报告模板；设置筛选过滤条件；根据所述筛选过滤条件，查询生物医学数据库，获取注释查询结果，查询变异注释文件，获取变异注释结果；根据注释查询结果和变异注释结果，按照所选基因检测报告模板自动生成基因检测报告。本发明能够自动生成癌症基因检测报告，科学准确。
自动生成基因检测报告方法装置电子设备

[发明专利]基因组注释方法和电子装置-CN202311023993.X在审
发明人：王龙;康玲;彭珍;马策;刘臣;李萍;刘孟 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2023-08-15 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组注释方法和电子装置。其中，上述基因组注释方法包括：a）将测序产生的基因片段进行基因组组装，获得组装基因组序列；b）采用多种方式预测组装基因组序列，获得多种预测开放阅读框；c）利用EVM工具对多种预测开放阅读框进行基因整合，获得整合基因结构；d）基于整合基因结构进行基因注释。能够解决现有技术中对于基因组注释结果基因集中BUSCO指标低的问题，适用于基因注释领域。
基因组注释方法电子装置

[发明专利]一种植物线粒体基因组结构注释方法-CN202011623238.1在审
发明人：高海东;周向阳;徐雷 -专利权人：南京集思慧远生物科技有限公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2021-05-11 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明适用于植物线粒体技术领域，提供了一种植物线粒体基因组结构注释方法，包括以下步骤：S1、使用植物线粒体基因组序列和相应软件分别进行编码序列(CDS)、开放阅读框(ORF)、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)的注释；S2、编码序列(CDS)同源注释；S3、开放阅读框(ORF)注释；S4、转运RNA(tRNA)注释；S5、核糖体RNA(rRNA)注释；S6、融合S2、S3、S4和S5的注释结果，获取植物线粒体基因组的结构注释和功能注释结果，并生成genbank和tbl格式的植物线粒体基因组结构注释和功能注释文件；该注释方法能够快速地从完整的植物线粒体基因组中获取详细的注释信息，适用于大部分植物线粒体基因组
一种植物线粒体基因组结构注释方法

[发明专利]基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统-CN202011069458.4有效
发明人：田振阳;王苹 -专利权人：天津现代创新中药科技有限公司
申请日： 2020-09-30 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统，其中方法包括：获取包括多个基因差异的差异基因列表，并且获取预先生成的去除重复基因序列的基因序列文件；对所述基因序列文件进行解析以确定多个基因序列，为所述多个基因序列中的每个基因进行通路注释，从而生成经过注释的基因序列文件；根据经过注释的基因序列文件中每个基因的通路注释，为所述差异基因列表中的每个基因数据项添加注释信息；以及对所述差异基因列表中每个基因数据项的注释信息进行富集处理，以获得经过富集的多个基因通路，从经过富集的多个基因通路选择多个目标基因通路，将每个目标基因通路作为差异基因通路从而获得多个差异基因通路。
基于转录组测序来确定差异基因通路方法系统

[发明专利]一种基因注释文件格式及针对该基因注释文件格式的解析工具-CN202011518041.1在审
发明人：黄子妍;邓操;郝兆楠;刘梦佳 -专利权人：成都基因坊科技有限公司
申请日： 2020-12-21 - 公布日： 2021-03-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因注释文件格式及针对该基因注释文件格式的解析工具。本发明的基因注释文件格式共9列，分别为：序列编号、起始、终止、链的方向、层级、特征类型、编号、父序列编号和属性。本发明的基因注释文件格式兼容了现有基因注释格式和新型基因注释格式。本发明的解析工具包含了各注释格式间的转化(GFF4、GTF、GFF3)、检索(如合并，提取，查询)、序列提取和位置转换多项功能，满足了生物信息下游分析的多样化需求。
一种基因注释文件格式针对解析工具

[发明专利]一种基因分析注释方法和装置-CN201710277934.3有效
发明人：欧阳聆文;吴延安;李明壮;吴一迪;孔令雪 -专利权人：荣联科技集团股份有限公司
申请日： 2017-04-25 - 公布日： 2020-10-02 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因分析注释方法和装置，所述方法包括：从至少一个现有基因数据库中抓取第一基因数据；将所述第一基因数据以统一格式存储，并构建注释基因数据库；获取用于描述基因组变异的标准文件，从所述标准文件中提取检索值；根据所述检索值，在所述注释基因数据库中检索得到第二基因数据；其中，所述检索值包括：变异位点的染色体编号、变异位点的起始位置、参考基因组的碱基、变异位点的碱基；根据所述第二基因数据，对所述标准文件进行基因注释，生成基因分析注释结果报告。本发明能够准确、高效的进行基因分析注释。
一种基因分析注释方法装置

[发明专利]一种基因数据解读注释系统-CN201810085446.7在审
发明人：刘欣;黄晶盈;徐丽 -专利权人：深圳百诺国际生命科技有限公司
申请日： 2018-01-29 - 公布日： 2019-08-09 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及核酸序列数据技术领域，具体指一种在核酸序列数据中检测的基因数据解读注释系统，它包括用于配置存储经预处理的测试样本基因序列信息的第一数据存储器，用于配置存储基因序列注释数据的第二数据存储器，以及通信连接第一数据存储器和第二数据存储器注释组件，所述注释组件包括功能注释引擎和解释注释引擎，通过索引项将基因序列信息与之相关联，报告模块用于配置生成所述功能类型注释和解释性注释的报告。相比现有技术，本发明更能准确高效的对基因分析注释。
基因序列信息数据存储器存储器第一数据核酸序列基因数据配置存储注释系统注释组件解读预处理报告模块测试样本功能类型功能注释基因分析基因序列数据技术通信连接注释数据注释引擎解释性索引项引擎关联检测配置

[发明专利]一种真核生物泛转录组注释方法-CN202111671919.X在审
发明人：李志刚;缪卫国;纪晓贝 -专利权人：海南大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法，包括以下步骤：将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上，获得相应的基因结构注释信息，整合，得到依赖参考基因组的转录组注释结果；将样品转录组数据进行拼接组装，获得相应的成熟转录本序列信息，将成熟转录本序列信息比对参考基因组，获得相应的基因结构信息，得到不依赖参考基因组的转录组注释结果；整合结构转录本注释信息，过滤无法比对参考基因组的转录本，得新的转录本注释信息；整合样品高通量转录组数据，可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。本发明可获得真核生物更加完整的转录组注释结构，采用不同策略相互辅证，极大地提高了注释准确率。
一种生物转录注释方法

[发明专利]利用纳米孔测序数据的高原多倍体鱼类基因组注释方法-CN202010226518.2在审
发明人：袁晓辉;刘海平;肖世俊 -专利权人：武汉古奥基因科技有限公司
申请日： 2020-03-27 - 公布日： 2020-07-24 - 主分类号： G16B20/10 文献下载
摘要：本发明涉及基因组注释技术领域，提供一种利用纳米孔测序数据的高原多倍体鱼类基因组注释方法，包括：步骤1：基于纳米孔测序技术获得待注释高原多倍体鱼的全长转录组序列；步骤2：采用n种基因组预测方法分别预测待注释高原多倍体鱼可能的蛋白编码基因；步骤3：将全长转录组序列作为参考序列，将每种基因组预测方法预测得到的每个蛋白编码基因与参考序列进行比对，计算每个蛋白编码基因相对参考序列的重叠率、重叠相似度；步骤4：过滤掉重叠率和重叠相似度均低于相应阈值的蛋白编码基因，对剩下的蛋白编码基因进行整合，得到最终的预测基因集。本发明能够提高高原多倍体鱼类基因组注释的准确性和可靠性，降低基因组注释的成本。
利用纳米序数高原多倍体鱼类基因组注释方法

[发明专利]一种全基因组变异数据的注释方法和注释系统-CN201610502321.0在审
发明人：相深;杨俊辉;吴俊 -专利权人：天津诺禾医学检验所有限公司
申请日： 2016-06-29 - 公布日： 2016-11-23 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开了一种全基因组变异数据的注释方法和注释系统。该方法包括以下步骤：S1，创建变异数据文件：采用国际标准的VCF格式储存变异数据作为输入文件；S2，多等位基因基因分型：首先进行基因型判断，与参考基因组一致的碱基用0表示，与参考基因组不一致的碱基用1，2，3……表示，然后进行SNP和InDel的多等位基因型进行拆分，使得等位基因型都使用0和1表示；S3，InDel发生位置归一化：采用向左对齐和简约的归一化方法进行InDel发生位置归一化；以及S4，注释：进行基因结构注释、等位基因频率注释、变异位点的有害性预测以及致病性注释。应用本发明的技术方案，提高了注释信息的完整性和准确性。
一种基因组变异数据注释方法系统

[发明专利]一种基因注释方法和系统-CN201010213759.X有效
发明人：徐讯;张博 -专利权人：深圳华大基因科技有限公司
申请日： 2010-06-30 - 公布日： 2010-11-24 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明公开一种基因注释方法和系统。该方法包括：采用基于序列特征与统计模型的基因预测方法获得目标基因组上潜在基因的位置；采用基于序列相似性的基因注释方法，将已知基因序列和物种间同源保守序列比对到目标基因组上，标记目标基因组上相似基因的位置；根据所述目标基因组上潜在基因的位置和相似基因的位置采用加权投票的方法整合并筛选预测结果，获得综合基因预测结果及相应的编码序列。本发明中的多证据联合基因注释方法和系统，有效整合了传统基因注释方法的优点。进一步运用源自目标物种自身的转录组测序数据，能够最大程度的保证基因结构的准确性，同时能够最大程度的获取基因可变剪接形式的注释。
一种基因注释方法系统

[发明专利]一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法-CN202210727902.X在审
发明人：周煌凯;高川;艾鹏;张从曦;孙鹏鹏 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2022-06-22 - 公布日： 2022-09-20 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，属于细胞注释技术领域，主要包括以下步骤：将非模式物种的基因组和模式物种的基因组进行双向同源比对，保留在两个方向上都配对一致的基因对；在模式物种的标记基因数据库中，将双向同源比对的基因对中的非模式物种的基因替代双向同源比对的基因对中与非模式物种同源的基因，得到非模式物种的表达量矩阵；通过软件调用非模式物种的表达量矩阵的基因数据进行注释，得到非模式物种细胞类型的注释结果采用该双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，可以精确对非模式物种的基因进行同源比对，得到与模式物种同源的基因，利用模式物种的标记基因数据库实现对非模式物种的细胞注释。
一种双向同源模式物种细胞注释方法

[发明专利]一种基因注释语义相似度的计算方法-CN200810040050.7无效
发明人：吴飞珍;马文丽;王妹;陈启龙;郑文岭;姚文娟;施国明 -专利权人：上海大学
申请日： 2008-07-01 - 公布日： 2009-02-04 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因注释语义相似度的计算方法。这种方法通过基因本体协会提供的基因本体关联文件，将基因与基因本体结点建立关联。然后先计算基因本体结点的语义相似度，最后根据基因本体结点语义相似度计算基因注释语义相似度。本发明的有益效果在于：可以自动地、大批量地计算基因注释语义相似度。
一种基因注释语义相似计算方法

[发明专利]一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质-CN202310105444.0在审
发明人：张智;周晴;霍彩琴 -专利权人：博奥生物集团有限公司
申请日： 2023-02-13 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：该方法包括：获取初始序列；对初始序列添加物种注释信息；确定初始序列的基因名称；对初始序列添加毒力基因类型注释信息；基于初始序列、物种注释信息、基因名称、毒力基因类型注释信息构建毒力因子数据库。由此，可以构建一个序列全面、信息准确完整、注释程序和术语标准规范化的微生物毒力基因数据库。进而，该毒力因子数据库还可以为临床致病菌毒力检测和毒力基因研究提供基础数据。
一种毒力因子数据库构建方法装置设备介质

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