本发明公开了一株高产吩嗪‑1‑甲酰胺的基因工程菌株及其构建方法;所述基因工程菌株具体是敲除绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)HT66CCTCC NOM 2013467基因组的lon基因、parS基因中的一个或两个基因而得到基因工程菌株;或者,敲除绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)HT66CCTCC NOM 2013467rpeA、psrA单突变株或者双突变株基因组的lon基因、parS基因中的一个或两个基因而得到基因工程菌株;其中,所述单突变株为HT66ΔrpeA、HT66ΔpsrA,双突变株为HT66ΔrpeAΔpsrA。与现有技术相比,本发明从一株绿针假单胞菌出发,将该菌基因组中lon和parS基因删除后,吩嗪‑1‑甲酰胺的发酵产量高达2425mg/L,可以用于吩嗪‑1‑甲酰胺的工业化生产与农业应用。