本发明公开了一种基于Cytb基因序列的蛇鮈和长蛇鮈的分子鉴别方法。该方法包含以下步骤:(1)分别提取蛇鮈和长蛇鮈的基因组DNA;(2)PCR扩增蛇鮈和长蛇鮈的细胞色素b基因片段;(3)扩增产物纯化后,直接测序,蛇鮈的Cytb基因扩增产物如SEQ ID NO.3所示,长蛇鮈的COI基因序列第15位点碱基是G的为蛇鮈,若该位点是C的为长蛇鮈。该方法可以简便、快速、准确、有效地鉴别蛇鮈和长蛇鮈,结果稳定性好,重复率高,填补了目前国内分子生物学标准鉴别蛇鮈和长蛇鮈的空白,也有利于开展蛇鮈和长蛇鮈资源调查及渔业资源物种多样性和遗传多样性保护。