本发明涉及分子标记技术领域,具体涉及花生A06染色体上与荚果和种子大小相关的SNP分子标记及其应用。本发明提供的与花生荚果和种子大小相关的SNP分子标记为A06‑107901527,其含有如SEQ ID NO.1所示序列第12位的多态性为G/T的核苷酸序列。当SNP分子标记A06‑107901527中,具有所述多态性的位点的基因型为GG,对应于花生荚果和种子大小性状数值高,基因型为TT,对应于花生荚果和种子大小性状数值低。利用这个SNP分子标记进行花生荚果和种子大小性状表型的鉴定,可大大节约生产成本和提高选择效率。