一种重组肉毒杆菌神经毒素及其制备方法和应用,属于生物工程技术领域,重组肉毒杆菌神经毒素的氨基酸序列如SEQ ID NO:6所示。本发明的一种重组肉毒杆菌神经毒素,其插入外源蛋白酶识别位点,有效提高对单链多肽的切割效率,得到具有较高生物活性的双链形式BoNT/A。本发明的一种双链式肉毒杆菌神经毒素的制备方法,通过高效切割所述的重组肉毒杆菌神经毒素制得双链式肉毒杆菌神经毒素。进一步地,在大肠杆菌中定量等比表达单链形式重组肉毒杆菌神经毒素和外源蛋白酶,外源蛋白酶可在大肠杆菌中切割单链形式重组肉毒杆菌神经毒素产生活性形式的双链式肉毒杆菌神经毒素,从而实现利用大肠杆菌进行一步生产