本发明公开了一种水稻种子引发方法。利用检测种子引发过程中OsIPMS1基因表达情况确定最佳引发时间。所述的基因异丙基苹果酸合酶OsIPMS1核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;利用荧光定量PCR实时检测种子水引发过程中基因表达情况,基因上游引物序列如序列表SEQ ID NO.2所示,下游引物序列如序列表通过试验表明种子在30℃水引发过程中,当基因出现表达显著下降前,即引发处理8h后终止吸胀,进行25℃条件下回干处理,引发种子具有最佳的种子活力。证明该基因可作为分子标记监测水稻种子引发过程,确定种子引发最佳时间。