本发明提供重组鸭病毒性肠炎病毒、制备方法和应用,属于动物医学的疫苗领域。本发明禽流感病毒血凝素基因,其核苷酸序列为SEQ ID NO:1的第1437至3131位核苷酸。本发明重组鸭病毒性肠炎病毒,是在鸭病毒性肠炎病毒基因组的LORF11和UL55基因之间的间隔区中插入了含所述禽流感病毒血凝素基因的表达盒。本发明禽流感病毒血凝素基因,作为疫苗活性成分,能达到较好的交叉保护效果。本发明重组鸭病毒性肠炎病毒,可以稳定高效表达禽流感病毒血凝素基因,病毒稳定、生长良好,制备的活疫苗,对鸭瘟和禽流感的保护效力较高,产生了较高的禽流感抗体,且抗体持续期较长。