本发明公开了岩藻聚糖硫酸酯降解酶OUC‑FaFcn1,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。编码岩藻聚糖硫酸酯降解酶OUC‑FaFcn1的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。所述岩藻聚糖硫酸酯降解酶OUC‑FaFcn1在降解岩藻聚糖硫酸酯/制备低分子量岩藻聚糖硫酸酯中的应用。本发明还公开一种包括岩藻聚糖硫酸酯降解酶OUC‑FaFcn1酶制剂。本发明的岩藻聚糖硫酸酯降解酶OUC‑FaFcn1,在40℃和pH=9条件下,比酶活可达4.11U/mg,可作用岩藻聚糖硫酸酯底物,终产物不同聚合度岩藻聚糖硫酸酯寡糖,主产物岩藻二糖。