本发明提供一种水稻雄性育性控制基因STS1、其编码的蛋白及应用,属于植物生物技术领域。该水稻雄性育性控制基因STS1核苷酸序列具有如下群组之一:1)具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列;2)与SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列具有不低于90%的相似性,且具有相同功能的DNA序列任一所述序列互补的DNA序列;本发明还保护通过影响STS1的核苷酸序列或者通过调控STS1基因的转录表达从而影响植株育性的方法,以及采用常规遗传转化手段将所述STS1基因,转入如前述所述应用获得的水稻雄性不育株系