本发明属于分子生物学加工技术领域,具体涉及一种梯棱羊肚菌SSR分子标记及其引物和应用。本发明提供了一种梯棱羊肚菌SSR分子标记,具体包括40个SSR多态性位点;成功开发得到35个SSR多态性分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1~35所示。本发明以梯棱羊肚菌M04M24和梯棱羊肚菌M04M26的基因组数据为基础,整合4个新的梯棱羊肚菌菌株20D11A、20D13A、20D21A和20D24A基因组数据,通过全基因组水平的比较分析,进行梯棱羊肚菌通用型SSR分子标记的开发,经过群体的扩增验证,最终得到35条多态性高,稳定性好的SSR位点,可用于梯棱羊肚菌物种的鉴定、群体遗传多样性分析等,具有较好的应用价值。