本发明公开了一种遗传编码的有机汞荧光探针及其制备方法和应用,涉及有机汞检测探针领域,旨在提供一种实时特异且可逆性检测细胞和活体水平有机汞的方法,采用的技术方案是,包括多肽B和无机汞离子荧光蛋白探针A,所述无机汞离子荧光蛋白探针A融合于所述多肽B的氨基端或羧基端;所述无机汞离子荧光蛋白探针A和多肽B之间连接有寡肽;所述有机汞荧光探针的氨基酸序列为SEQ ID NO:5;通过构建遗传编码的有机汞荧光探针,使该有机汞离子荧光探针可以在体内、体外、亚细胞或原位水平检测有机汞离子;探针蛋白相对较小且易于成熟,其荧光动态变化明显;通过将无机汞离子探针和MerB融合产生的有机汞探针更可以检测活体内有机汞的动态变化。